针对您提出的“非法搭建房屋怎么处理”的问题，我将结合相关法律法规和实际操作流程，为您提供一个详细且深入的解答。
一、非法搭建房屋的认定
非法搭建房屋，通常指的是违反国家法律法规，未取得合法建设许可或未按照建设许可规定进行建设的建筑物。这类建筑可能对城市规划、土地利用、公共安全等方面造成不良影响。其认定主要依据《土地管理法》和《城乡规划法》，由城乡规划主管部门、城市管理综合执法部门或乡镇人民政府等具有相应职权的行政机关负责。
二、非法搭建房屋的处理方式
调查认定：
- 相关部门会首先对涉嫌非法搭建的房屋进行调查，核查其是否取得相关规划许可、用地许可等合法审批手续，包括建设工程规划许可证、乡村建设规划许可证、国有土地使用证、集体土地使用证等。
- 同时，会核实建筑的实际建设情况与审批内容是否相符，以确定其是否为非法建筑。
责令停止建设：
- 一旦认定为非法建筑，相关部门会下达责令停止建设通知书，要求建设单位或个人立即停止违法建设行为，防止非法建筑进一步扩大规模。
限期改正：
- 对于部分未取得规划许可但符合规划要求的非法建筑，在不影响城乡规划实施的前提下，相关部门可能会责令限期改正，要求补办相关审批手续。
- 建设单位或个人需要提交申请材料，补齐规划、用地等相关许可手续，并可能需要对建筑不符合规定的部分进行整改。
限期拆除：
- 对于严重影响城乡规划、存在安全隐患、侵占公共资源等情形的非法建筑，相关部门会下达限期拆除决定书。
- 拆除程序包括明确基本情况、违法事实、拆除的法律依据、拆除期限及陈述、申辩权利，进行催告，提醒履行拆除义务，如提出听证申请则组织听证，若规定期限内既不自行拆除，又不申请行政复议或提起行政诉讼，则依法组织强制拆除。
没收实物或违法收入：
- 对于无法采取改正措施消除影响且不能拆除的非法建筑，相关部门可以依法没收非法建筑实物或者违法收入。
- 没收的实物可根据实际情况进行合理处置，如拍卖、拆除后材料回收等。
罚款：
- 违法建筑人还可能面临罚款的处罚，罚款金额根据违法建筑的性质、规模和影响程度等因素确定。
- 例如，非法占用土地每平方米可能面临100元以上1000元以下的罚款。
三、特殊情况处理
超占宅基地处理：
- 对于超占宅基地的情况，相关部门会结合历史成因、面积和规划要求灵活处理。
- 可能采取的措施包括协商缴纳有偿使用费、限期拆除或恢复原状等。
历史遗留问题处理：
- 对于历史遗留的非法搭建房屋问题，相关部门会通过与村集体协商、缴纳费用、置换土地或在登记簿中注明等方式进行解决。
四、法律救济途径
- 如果当事人对非法建筑的认定及处理决定不服，可以在规定期限内申请行政复议或者提起行政诉讼。
- 行政复议或行政诉讼是当事人维护自身合法权益的重要途径，应充分利用。
五、实际案例警示
- 非法占地建房者因违反土地管理法规而受到严厉处罚的案例屡见不鲜。
- 这些案例包括判处拘役并处罚金、判处有期徒刑并宣告缓刑等，警示我们必须严格遵守土地管理法规，避免非法占地建房行为的发生。
综上所述，非法搭建房屋的处理方式多样且严格，需根据实际情况及相关法律法规综合考虑。建议您在建房前务必办理相关用地批准和规划许可手续，确保合法合规，避免不必要的法律风险和经济损失。