当对方公司已经注销，您仍需对其提起诉讼并通知相关责任主体时，核心结论是需通过变更被告主体或追加清算责任人等方式完成法律程序，具体需分情况处理。以下是详细说明：

1. 若公司注销时未依法清算或存在清算义务人未尽责的情形
   根据《公司法》第183条及《公司法司法解释二》第18-23条，若公司注销时股东、董事、控股股东或实际控制人未依法清算（如未通知债权人、虚假清算等），您可将清算义务人列为共同被告，要求其承担赔偿责任。此时需向法院提交：

   • 公司注销登记证明（证明主体已终止）；
     
   • 清算义务人未依法清算的证据（如未通知债权人的公告、虚假清算报告等）；
     
   • 债权债务关系证明（如合同、对账单等）。
     法院会依法通知清算义务人参与诉讼，若其拒不到庭，可缺席判决。

2. 若公司注销时已依法清算，但清算财产未清偿完毕
   若公司注销前已成立清算组并公告债权人，但清算财产不足以清偿全部债务，根据《公司法司法解释二》第14条，您可要求股东在剩余财产分配范围内承担责任（若股东未足额出资或存在其他过错）。此时需向法院申请追加股东为被告，并提交：

   • 清算报告（证明财产分配情况）；
     
   • 股东未足额出资或存在过错的证据（如验资报告、股东会决议等）。
     法院会依法通知股东参与诉讼，若其下落不明，可通过公告送达（公告期30日）。

3. 若公司注销后发现存在未了结债务或恶意注销情形
   若公司注销后发现其通过恶意注销逃避债务（如注销前转移财产、伪造清算报告等），您可依据《民法典》第1169条（第三人侵害债权）或《公司法司法解释二》第19条，要求实际控制人或相关责任人承担连带责任。此时需向法院提交：

   • 公司注销前恶意行为的证据（如财产转移记录、虚假清算报告等）；
     
   • 实际控制人或责任人参与恶意行为的证据（如股东会决议、内部文件等）。
     法院会依法通知责任人参与诉讼，若其拒不到庭，可缺席判决。

操作建议：

• 第一步：向市场监管部门调取公司注销登记档案，确认清算程序是否合法；
  
• 第二步：根据注销情形选择合适的被告主体（清算义务人、股东或实际控制人）；
  
• 第三步：向法院提交起诉状及证据材料，并申请追加或变更被告；
  
• 第四步：若被告下落不明，可申请法院公告送达（公告期30日），公告期满后缺席审理。
  

注意事项：

• 公司注销后，其法人资格终止，原则上不能再作为被告，但清算义务人或责任人可成为替代主体；
  
• 诉讼时效从知道或应当知道权利被侵害之日起计算，建议尽快启动程序；
  
• 若涉及跨境清算或复杂财产转移，建议委托专业律师协助调查取证。
  

如有进一步疑问或需要具体操作指导，可直接向我咨询，我会结合您的案件细节提供更精准的建议。