针对“违规发放贷款罪已还清了怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，违规发放贷款罪是刑法中的一个罪名，其处理不仅涉及刑事责任的追究，还可能涉及行政处罚及后续的民事责任等问题。以下是从不同角度给出的详细解答：

1. 刑事责任方面：

   • 已还清贷款的影响：违规发放贷款罪的成立，主要依据的是行为人是否违反国家规定发放贷款，并且数额巨大或者造成重大损失。已还清贷款这一事实，在刑事责任追究上，主要影响的是量刑情节，而非定罪情节。也就是说，如果行为人已经还清了因违规发放贷款而产生的全部或部分损失，这可能会作为从轻或减轻处罚的情节在量刑时予以考虑。
   • 刑事处罚的种类：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，违规发放贷款罪可能面临的刑事处罚包括有期徒刑、拘役和罚金等。具体刑罚的轻重，会根据犯罪情节的严重程度、造成的损失大小以及行为人的认罪态度、悔罪表现等因素综合确定。

2. 行政处罚方面：

   • 行政处罚的可能性：除了刑事责任外，违规发放贷款的行为还可能受到行政处罚，如罚款、吊销金融许可证等。这些行政处罚的目的是为了维护金融市场的秩序和稳定，保护投资者的合法权益。
   • 已还清贷款与行政处罚的关系：已还清贷款并不意味着可以免除行政处罚。行政处罚的依据是行为人的违法行为，而非其是否已经承担了民事责任或刑事责任。因此，即使行为人已经还清了贷款，如果其违规发放贷款的行为确实存在，仍然可能面临行政处罚。

3. 民事责任方面：

   • 民事责任的承担：违规发放贷款的行为如果给借款人或其他相关方造成了损失，行为人还需要承担相应的民事责任。这包括赔偿损失、恢复原状等。
   • 已还清贷款与民事责任的关系：已还清贷款可能意味着行为人已经履行了部分或全部的民事赔偿义务。然而，如果还存在其他未赔偿的损失或需要恢复的原状等，行为人仍然需要继续承担民事责任。

4. 后续处理建议：

   • 主动配合调查：如果行为人涉嫌违规发放贷款罪，应主动配合相关部门的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据材料。
   • 积极赔偿损失：如果行为人的违规发放贷款行为确实给相关方造成了损失，应积极赔偿损失，以减轻或避免可能的刑事处罚和行政处罚。
   • 寻求法律帮助：在处理此类问题时，建议行为人寻求专业律师的法律帮助，以便更好地了解自己的权利和义务，制定合理的应对策略。

总结来说，违规发放贷款罪已还清贷款并不意味着可以免除所有责任。行为人仍然可能面临刑事处罚、行政处罚以及民事责任的追究。因此，建议行为人在处理此类问题时保持谨慎态度，积极配合调查工作，并寻求专业律师的法律帮助。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。