结论：劳动合同甲乙双方各执一份并不影响个人档案存档，个人档案存档与劳动合同的持有是两个独立的事项，个人档案应按照规定存入具有档案管理权限的机构。以下为详细说明：
- 劳动合同的持有
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》规定，劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。这是为了保障双方的权益，使双方都能明确合同内容，在发生争议时有据可查。所以，甲乙双方各持一份劳动合同是合法且合理的做法。
- 个人档案的存档
- 个人档案是记录个人学习、工作经历、政治面貌、品德作风等重要信息的文件材料，对于个人的职业发展、社保办理、退休手续等都有着至关重要的作用。个人档案不能由个人自行保管，而应存入具有档案管理权限的机构，如人才市场、工作单位（如果单位有档案管理权限）、户籍所在地的人社部门等。
- 存档流程一般如下：
- 应届毕业生：如果毕业生与用人单位签订了就业协议，学校会根据就业协议上的档案接收地址，将档案直接寄送到用人单位或用人单位所在地的人才市场；如果毕业生未就业或选择灵活就业，档案可以申请转回户籍所在地的人社部门或人才市场。
- 在职人员：如果新单位有档案管理权限，可以直接将档案从原单位转到新单位；如果新单位没有档案管理权限，可以将档案存入新单位所在地的人才市场或户籍所在地的人才市场。在办理档案转递时，需要原存档单位开具调档函等相关证明材料。
- 两者之间的关系
- 劳动合同的持有和个人档案的存档是相互独立的，互不影响。即使双方各持一份劳动合同，也不会对个人档案的存档造成任何阻碍。个人档案的存档主要依据的是个人的就业情况、户籍等因素，与劳动合同的持有份数无关。