行政机关撤销行政协议的期限，主要取决于撤销事由及法律规定，具体可分为以下几种情况：
一般撤销事由的期限：
- 根据《民法典》第一百五十二条，若行政协议因显失公平、欺诈等原因可撤销，当事人（包括行政机关和相对人）自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内未行使撤销权的，撤销权消灭。这一规定为撤销权设定了一个基本的行使期限，确保权利在合理时间内得到行使，避免权利长期悬而未决。
重大误解情形的期限：
- 若行政协议因重大误解而需要撤销，同样根据《民法典》第一百五十二条，当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起九十日内未行使撤销权的，撤销权消灭。此规定针对重大误解情形给予了更短的反应时间，体现了法律对重大误解情形的特别处理。
受胁迫情形的期限：
- 在行政协议中，若当事人（包括行政机关或相对人）受到胁迫而签订协议，则根据《民法典》第一百五十二条，自胁迫行为终止之日起一年内未行使撤销权的，撤销权消灭。这一规定保护了受胁迫当事人的合法权益，确保其在胁迫解除后有足够的时间考虑并行使撤销权。
五年除斥期间：
- 无论当事人是否知道撤销事由，根据《民法典》第一百五十二条，自行政协议发生之日起五年内未行使撤销权的，撤销权均将消灭。这一规定为撤销权设定了最长保护期限，避免了权利因时间过长而无法行使的情况。
行政协议撤销的特殊性及其法律依据：
- 行政协议作为兼具行政性和协议性的特殊合同类型，其撤销不仅受《行政诉讼法》及其司法解释的约束，还可参照适用民事法律规范中关于民事合同的相关规定。
- 《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第十四条明确指出，原告认为行政协议存在胁迫、欺诈、重大误解、显失公平等情形而请求撤销的，人民法院经审理认为符合法律规定可撤销情形的，可以依法判决撤销该协议。这为行政协议的撤销提供了明确的法律依据和司法实践指导。
实际操作中的注意事项：
- 在实际应用中，判断撤销权行使的期限是否届满，需结合案件的具体情况以及证据来综合考量。行政机关或相对人应充分收集并保存相关证据，以证明自己在法定期限内行使了撤销权或存在合理的延误理由。
- 同时，行政机关或相对人也应关注行政协议签订后的时间流逝情况，及时咨询法律专业人士（如向我咨询）以了解自己的权利和义务，避免因超过法定期限而丧失撤销权。
综上所述，行政机关撤销行政协议的期限涉及多个法律知识点和复杂的期限规定。在面对此类问题时，应充分了解相关法律法规和司法解释的规定，并在专业法律人士的指导下进行操作以确保自身权益得到有效维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。