请假超两天扣双倍工资，这一做法是否合法，需分情况讨论：
若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，公司有权制定合理的规章制度来管理员工，包括请假制度。但这些制度必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了“请假超过两天将扣双倍工资”，并且这一规定在制定时经过了民主程序（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），且已向员工公示或告知，那么从合同自由和意思自治的角度出发，这一规定在双方之间是具有法律效力的。但即便如此，该规定也需接受合法性审查，若其显失公平或违反法律强制性规定（如最低工资标准、加班工资支付等），则可能被认定为无效。
- 然而，在大多数情况下，“扣双倍工资”这样的处罚措施可能被视为过于严苛，甚至可能构成对员工权益的侵害。因为工资是员工劳动的直接回报，扣减工资应当与员工的过错程度相适应，且不得违反法律法规的最低工资标准等规定。
若公司规章制度或劳动合同中无明确规定：
- 如果公司没有在规章制度或劳动合同中明确规定“请假超过两天将扣双倍工资”，那么公司单方面实施这样的处罚措施就是缺乏法律依据的。
- 在这种情况下，员工有权拒绝接受这样的处罚，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
法律建议：
- 对于员工而言，如果公司实施了不合理的扣减工资措施，首先应当与公司进行沟通协商，尝试通过友好方式解决问题。
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，应当制定合法、合理、公平的规章制度，并确保这些制度在制定和实施过程中都符合法律法规的要求。同时，公司也应当加强与员工的沟通和协商，以建立和谐、稳定的劳动关系。
可能法律后果：
- 如果公司实施了违法的扣减工资措施，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
- 同时，公司还可能因为违法扣减工资而引发劳动争议，导致需要支付赔偿金、经济补偿金等额外费用。
总之，请假超两天扣双倍工资这一做法是否合法，取决于公司规章制度或劳动合同中是否有明确规定，以及这些规定是否合法、合理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。