核心结论：刑事案件中手机被扣押3个月，可先确认扣押合法性，若合法则等待案件处理结果，若不合法或超期可依法维权。以下为详细分析：
确认扣押合法性
- 依据法定程序扣押
- 在刑事案件中，公安机关、人民检察院等侦查机关有权依照法定程序对与案件有关的物品进行扣押。如果手机被扣押是基于合法的侦查行为，例如手机中可能存储有与案件相关的证据，如聊天记录、通话记录、照片、视频等，那么这种扣押行为是合法的。
- 侦查机关在扣押手机时，应当出示扣押决定书和清单，清单上会详细记载被扣押物品的名称、特征、数量等信息，并且会由侦查人员、见证人和物品持有人签名或者盖章。如果手机被合法扣押，那么在案件侦查、审查起诉和审判等阶段，手机可能会一直处于被扣押状态，直到案件终结或者根据法律规定需要返还为止。
- 未依法定程序扣押
- 如果侦查机关在扣押手机时没有出示相关的法律文书，或者没有按照法定程序进行操作，例如没有制作扣押清单、没有让见证人签字等，那么这种扣押行为可能存在程序违法的问题。在这种情况下，你可以向扣押机关提出异议，要求其说明扣押的合法性和必要性。
合法扣押下的处理方式
- 等待案件处理结果
- 如果手机被合法扣押，在案件侦查阶段，侦查机关会对手机中的数据进行提取和分析，以获取与案件有关的证据。这个过程可能需要一定的时间，具体时间取决于案件的复杂程度和证据的收集情况。
- 在审查起诉阶段，人民检察院会对侦查机关移送的证据进行审查，包括手机中的证据。如果证据充分、确实，人民检察院会向人民法院提起公诉；如果证据不足，人民检察院可能会要求侦查机关补充侦查或者作出不起诉决定。
- 在审判阶段，人民法院会对案件进行审理，并根据证据认定事实和适用法律。如果手机中的证据对案件的定罪量刑有重要影响，那么手机可能会一直被扣押直到案件判决生效。在案件终结后，如果手机与案件无关或者不需要作为证据使用，侦查机关应当及时返还。
- 了解案件进展并沟通
- 你可以通过合法途径了解案件的进展情况，例如向办案机关咨询、委托律师介入等。律师可以根据案件的具体情况，与办案机关进行沟通和协商，了解手机被扣押的原因和预计返还时间，并在必要时为你提供法律帮助。
非法或超期扣押的维权方式
- 向扣押机关的上级机关申诉
- 如果你认为手机被非法扣押或者扣押期限已经超过了法定期限，你可以向扣押机关的上级机关提出申诉。上级机关会对申诉进行审查，并在查明事实后作出处理决定。如果申诉成立，上级机关会责令扣押机关返还手机或者采取其他补救措施。
- 申请行政复议或者提起行政诉讼
- 如果对扣押机关的处理决定不服，你还可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。行政复议是指公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益，依法向特定的行政机关提出申请，由受理申请的行政机关对原具体行政行为依法进行审查并作出决定的活动。行政诉讼则是指公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。