当检察院起诉后案件最终被判定为无罪时，这标志着被告人在法律上获得了清白，并会触发一系列后续的法律程序和处理方式。以下是对这一情况的详细解答：
一、无罪判决的法律效力及后续处理
无罪判决是法院经过审理后，认为案件事实清楚但证据不足以认定被告人有罪，或者被告人根本没有犯罪行为的法律评价。这一判决具有终局性和法律效力，意味着刑事诉讼程序的终结和被告人法律地位的恢复。
二、对被不起诉人（或被告人）的处理
释放被羁押人员：
- 如果被不起诉人（或被告人）在侦查阶段或审查起诉阶段被采取了强制措施（如拘留、逮捕），检察院在作出不起诉决定或法院作出无罪判决后，应立即通知相关机关解除强制措施，被羁押的人员会被立即释放，恢复其人身自由。
出具法律文书：
- 检察院需制作《不起诉决定书》或法院出具无罪判决书，明确载明不起诉或无罪的事实理由和法律依据，并送达被不起诉人（或被告人）及其单位。若被不起诉人（或被告人）被限制人身自由，应立即宣布释放。
告知申诉权利：
- 对于有被害人的案件，检察院或法院应将不起诉决定书或无罪判决书送达被害人或其近亲属及诉讼代理人，并告知其有权在收到决定书后一定期限内（如7日内）向上一级检察院或法院申诉。
恢复名誉与申请国家赔偿：
- 无罪判决后，被告人应立即被释放，并有权采取措施恢复其名誉。同时，依据《中华人民共和国国家赔偿法》，若因错误指控而遭受损失，被告人有权申请国家赔偿。赔偿请求人应向作出逮捕决定的检察院提出赔偿申请，并提交相关法律文书、身份证明及损害证据。
三、涉案财物的处理
解除查封、扣押、冻结措施：
- 检察院或法院在作出不起诉决定或无罪判决后，应及时解除对涉案财物的查封、扣押、冻结措施。
财物返还或处理：
- 对于属于被不起诉人（或被告人）的合法财产，应立即返还；对于违法所得及其他涉案财物，需移送相关主管机关依法处理。
四、对相关责任人的追究与处理
内部监督与问责：
- 检察院或法院将启动内部监督和审查机制，对办案过程中存在的不规范行为或过失进行纪律处分。
刑事责任追究：
- 若检察人员或审判人员涉嫌徇私枉法、滥用职权等犯罪行为，将依法立案侦查并追究刑事责任。
五、司法系统的反思与改进
案例分析与总结：
- 检察院或法院应对案件进行全面分析，总结经验教训，特别是在证据审查、法律适用及办案程序方面的不足。
制度完善：
- 针对发现的问题，检察院或法院应修改和完善相关工作制度和流程，提高办案质量和司法水平。
六、被告人及其辩护团队的应对措施
理解无罪判决：
- 明确无罪判决的含义和法律效力，确保自身权益得到恢复。
申请国家赔偿：
恢复名誉：
咨询专业律师：
- 面对复杂的法律程序和后续事务，建议咨询专业律师以获取个性化的法律建议和服务。
综上所述，当检察院起诉后案件最终被判定为无罪时，被告人及其辩护团队应积极采取措施维护自身权益，同时司法机关也应进行反思和改进，以确保司法的公正性和准确性。