挂靠协议只有一份，并不直接导致其无效，协议的效力主要取决于其内容是否违反法律法规的强制性规定以及是否符合民事法律行为的有效要件。以下是对这一问题的详细分析：
一、挂靠协议可能无效的情形
违反法律强制性规定：
- 在建筑、医疗、教育等特定行业，挂靠行为往往被法律明确禁止。例如，《建筑法》规定，建筑施工企业不得以任何形式允许其他单位或个人使用其资质证书、营业执照承揽工程。若挂靠协议涉及此类违法行为，则根据《民法典》第一百五十三条，该协议将被认定为无效。
不具备主体资格与真实意思表示：
- 挂靠协议中，实际主体可能不具备订立合同的资格，或者与挂靠方订立合同并非真实意思表示。根据《民法典》第一百四十三条，有效的民事法律行为需满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实等条件。若挂靠协议不满足这些条件，则可能被视为无效合同。
违背公序良俗：
- 若挂靠协议的内容违背公序良俗，如涉及欺诈、恶意串通等行为，同样根据《民法典》的相关规定，该协议将被认定为无效。
二、挂靠协议可能有效的情形
- 不违反法律强制性规定且符合民事法律行为有效要件：
- 如果挂靠协议所涉及的行业没有明确的禁止性规定，且协议双方具有相应的民事行为能力，意思表示真实，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议在双方之间可以被认定为有效。此时，协议的份数（无论是一份还是多份）并不影响其效力。
三、实际履行中的法律风险与纠纷
- 即便挂靠协议被认定有效，在实际履行过程中也可能面临诸多法律风险和纠纷。例如，挂靠方以被挂靠方名义对外经营产生债务时，债务的承担问题、双方对于利益分配和责任划分的争议等都可能成为潜在的法律风险点。因此，在签订挂靠协议时，双方应明确约定各自的权利和义务，以降低法律风险。
四、建议与启示
- 严格遵守法律法规：在签订挂靠协议时，双方应确保协议内容不违反相关法律法规的强制性规定，以免协议被认定为无效。
- 仔细审查合同条款：双方应仔细审查合同条款，确保合同内容合法、有效，并真实反映双方的真实意愿。特别是要注意协议中的权利义务分配、违约责任等关键条款。
- 增强法律意识：企业和个人应增强法律意识，了解挂靠经营的法律风险和后果，以便在签订和执行挂靠协议时做出明智的决策。
总结来说，挂靠协议的效力并不取决于其份数，而是取决于其内容是否违反法律法规的强制性规定以及是否符合民事法律行为的有效要件。因此，在签订挂靠协议时，双方应谨慎行事，确保协议内容合法、有效，并遵守相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。