若合法宅基地上的建筑被认定为违章建筑，首先需明确认定主体和程序是否合法，再根据不同情况采取复议、诉讼、协商补办手续等措施维护权益。具体分析如下：

一、核查认定程序是否合法

1. 认定主体是否合法
   根据《城乡规划法》第六十四条，违章建筑的认定主体应为县级以上地方人民政府城乡规划主管部门（如自然资源局、城管局等）。若由村委会、乡镇政府其他部门或个人擅自认定，则程序违法，可据此提出异议。

2. 是否履行法定程序
   合法认定需经过以下步骤：

   • 调查取证：执法部门需对建筑进行现场勘查、拍照、询问当事人，并制作笔录；
     
   • 限期改正通知：若建筑属于“可改正”情形（如未取得建设工程规划许可证但符合规划要求），应先责令限期补办手续；
     
   • 强制执行决定：若逾期未改正且无法补办手续，需作出《强制执行决定书》，并告知当事人复议、诉讼权利。
     若未履行上述程序，可直接通过行政复议或诉讼主张认定无效。

二、根据建筑性质分类处理

1. 因历史原因未办证但符合规划的建筑

   • 情形：宅基地使用权合法，建筑因政策衔接问题（如早期未强制要求办证）未取得产权证明，但实际符合规划要求。
     
   • 处理方式：
     
     • 向当地自然资源部门申请补办《乡村建设规划许可证》或《建设工程规划许可证》；
       
     • 若因政策限制无法补办，可要求政府出具“合法建筑证明”，避免被强制拆除。

2. 因扩建、改建超出规划范围的建筑

   • 情形：宅基地使用权合法，但建筑超出批准的面积、高度或层数，或改变用途（如将住宅改为商铺）。
     
   • 处理方式：
     
     • 可改正情形：若超出部分不影响规划实施（如未占用耕地、未影响邻居采光），可申请补办手续并缴纳罚款；
       
     • 不可改正情形：若超出部分严重违反规划（如占用基本农田、消防通道），可能面临限期拆除或没收。此时需评估拆除对生活的影响，争取通过协商减少损失（如保留部分建筑）。

3. 因政策变化导致“合法变违法”的建筑

   • 情形：建筑原本符合规划，但因后续政策调整（如生态保护区划定、耕地保护红线收紧）被纳入禁止建设范围。
     
   • 处理方式：
     
     • 依据《行政许可法》第八条，政府因公共利益需要变更或撤回许可的，应对当事人予以补偿；
       
     • 可要求政府按照“公平合理”原则给予拆迁补偿或安置，而非直接强制拆除。

三、维权途径

1. 行政复议

   • 若对认定结果不服，可在收到《限期拆除决定书》或《强制执行决定书》之日起60日内，向上一级政府或主管部门申请复议。
     
   • 重点：复议需针对程序违法（如未听证、未送达文书）或事实错误（如面积测量不实）提出异议。

2. 行政诉讼

   • 若复议未果，可在收到复议决定之日起15日内，或直接在收到原决定之日起6个月内向法院起诉。
     
   • 重点：诉讼需提供证据证明建筑合法性（如宅基地证、规划许可申请记录）或程序违法性（如执法人员未出示证件）。

3. 协商与听证

   • 在收到《限期拆除通知》后，可主动联系执法部门申请听证，说明建筑历史背景、实际困难（如家庭居住需求），争取通过罚款、补办手续等方式保留建筑。

四、注意事项

• 避免激化矛盾：在维权过程中，切勿自行拆除建筑或与执法人员发生冲突，以免被认定为“主动消除违法状态”而丧失补偿机会；
  
• 保留证据：妥善保管宅基地证、建房审批文件、缴费凭证、现场照片等材料，作为维权依据；
  
• 及时行动：行政处罚决定书会明确履行期限（如“15日内自行拆除”），逾期未履行可能面临强制执行，需在期限内采取措施。

若您的宅基地建筑被认定为违章，建议先核对认定程序是否合法，再根据建筑性质选择补办手续、协商或维权。具体操作可进一步向我咨询，我会结合您所在地区的政策提供针对性建议。