针对您提出的“工程施工总承包中有段工程无资质该怎么处理”的问题，这是一个涉及工程质量和安全的重要议题，必须立即且严谨地处理。以下是我根据相关法律法规和实际情况，为您提供的详细处理建议：

一、立即停工与资质核实

首先，一旦发现某段工程存在无资质施工的情况，无论项目处于哪个阶段，都应立即停止该段工程的所有施工活动。这是为了防止因无资质施工可能引发的工程质量或安全隐患，确保项目参与各方的合法权益不受损害。紧接着，迅速核实施工企业的资质情况，包括其是否具备从事该段工程所需的资质证书，以及资质证书的真实性、有效性，是否存在过期、被吊销或撤销等情形。

二、整改尝试与监督

若核实后发现施工企业确实无资质或资质不符，但有可能通过整改达到合格标准，那么应依据相关法律法规和合同条款，与该企业进行协商，明确整改要求和时间表。整改内容可能包括补充必要的资质资料、提升技术能力、加强质量管理等方面。在整改期间，必须严格监督其进展，确保其不再从事任何施工活动，直至整改完成并通过验收。

三、根据项目阶段采取不同措施

1. 招投标阶段：

   • 如果问题出现在招投标阶段，且尚未确定中标结果，招标人有权取消该无资质施工企业的投标资格，并重新审查其他投标企业的资质。
   • 如果已确定中标但未签订合同，招标人可宣布中标无效，并重新组织招标，确保选择有资质的施工企业进行合作。

2. 项目实施阶段：

   • 如果项目刚开始实施，工程总承包企业应立即更换有资质的施工企业，并尽快恢复正常施工，以减少对项目进度的影响。
   • 如果项目已进行一段时间，除停止施工外，还需对已完成工程进行质量评估。如质量合格，更换合格施工企业后继续施工；如存在质量问题，需与原施工企业协商处理责任及费用，必要时通过法律途径解决，并要求新施工企业对问题进行整改。

四、法律责任追究

1. 行政责任：无资质的施工企业可能面临建设行政主管部门的行政处罚，如责令停业整顿、罚款、降低资质等级、吊销资质证书等。工程总承包企业如明知施工企业无资质仍与其合作，也可能受到警告、罚款等处罚。

2. 民事责任：因无资质施工导致项目出现质量问题、延误工期等，给建设单位或其他相关方造成损失的，施工企业和工程总承包企业需承担相应的民事赔偿责任。工程总承包企业在承担赔偿后，可依据合同条款向施工企业追偿。

3. 刑事责任：在严重情况下，如通过非法手段获取项目或因无资质施工导致重大安全事故，相关责任人可能触犯刑法，面临刑事处罚。

五、合同解除与举报

• 若施工企业无法整改达标或拒绝整改，工程总承包企业应考虑解除与其的合作关系。在解除合同前，应做好充分的法律准备，并咨询专业律师意见，以避免纠纷或法律风险。
• 同时，可向相关监管部门举报施工企业的无资质问题，以维护市场秩序和保护其他合法施工企业的权益。

综上所述，处理工程施工总承包中有段工程无资质的问题需要严谨而果断的态度。在确保工程质量和安全的前提下，应尽快采取措施解决问题，并尽可能减少因此而产生的损失和影响。各方应积极配合，共同维护工程项目的顺利进行和市场的公平竞争环境。