违反国家市场监督管理总局46号令（《工业产品生产单位落实质量安全主体责任监督管理规定》）的处罚依据及方式，需结合具体违法情形和条款综合判断，主要依据《中华人民共和国产品质量法》《中华人民共和国行政处罚法》及46号令本身的规定处理。以下分情况说明：

1. 未按规定建立质量安全管理制度或配备质量安全管理人员

根据46号令第17条，生产单位若未建立质量安全管理制度，或未按要求配备质量安全总监、质量安全员，或未明确其职责的，由县级以上地方市场监督管理部门责令改正，给予警告；拒不改正的，处5000元以上5万元以下罚款。
依据：46号令第17条明确规定了“责令改正+警告+罚款”的梯度处罚逻辑，核心是督促企业落实主体责任。

2. 未按规定开展质量安全风险管控或未落实“日管控、周排查、月调度”制度

若生产单位未按46号令要求开展日常质量安全风险检查（如未填写每日风险管控清单、未每周排查隐患、未每月召开调度会议），或未形成书面记录的，由市场监督管理部门责令改正，给予警告；拒不改正的，处5000元以上5万元以下罚款。
依据：46号令第18条将“风险管控”作为核心义务，未履行即构成违法，处罚标准与第17条一致，但需注意“拒不改正”是加重处罚的前提。

3. 拒不配合监督检查或提供虚假材料

若生产单位在市场监督管理部门监督检查时，拒绝提供相关材料（如质量安全管理制度、人员资质证明、风险管控记录等），或提供虚假材料的，由市场监督管理部门责令改正，给予警告，并处1万元以上3万元以下罚款。
依据：46号令第19条直接规定了此类情形的处罚，且罚款幅度高于前两条，体现了对“阻碍执法”行为的严厉态度。

4. 因质量问题造成严重后果的，可能涉及更高层级的处罚

若违反46号令的行为同时违反《中华人民共和国产品质量法》（如生产、销售不符合强制性标准的产品），市场监督管理部门将依据《产品质量法》第49条至第53条的规定处罚，处罚幅度可能包括没收违法所得、罚款（货值金额50%至3倍）、吊销许可证等，情节严重的还可能追究刑事责任。
依据：46号令第20条明确“本规定不免除法律、行政法规规定的其他质量安全责任”，即与其他法律形成“特别规定与一般规定”的关系，需择一重处。

总结建议

46号令的处罚以“责令改正+警告”为起点，拒不改正或情节严重的会升级为罚款，若涉及重大质量问题还可能触发《产品质量法》的更严厉处罚。企业需重点落实质量安全管理制度、人员配置和风险管控记录，避免因“程序性违法”被处罚。若您遇到具体案件或需进一步分析，可直接向我咨询，我会结合细节为您详细解答。