结论：运输合同中包含的司机就餐餐费是否可以计入运输费，需根据合同具体条款、交易习惯及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的明确约定

• 若合同明确约定餐费包含在运输费中：根据《民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，包括价款或报酬条款。若运输合同中明确约定“运输费包含司机就餐餐费”，则餐费应视为运输费的一部分，由托运人或收货人承担。
• 若合同未明确约定餐费：需进一步结合交易习惯或行业惯例判断。若行业惯例中运输费通常包含司机餐费，且双方未明确排除，可能推定餐费包含在运输费中；但若惯例中餐费单独计算，或合同明确排除餐费，则餐费不应计入运输费。

2. 交易习惯与行业惯例

• 行业惯例的参考：根据《民法典》第十条，处理民事纠纷可参照习惯，但不得违背公序良俗。若运输行业惯例中，长途运输的运输费通常包含司机餐费（如跨省运输），且双方未明确排除，则餐费可能被认定为运输费的组成部分。
• 地方性习惯的适用：若某地区运输市场形成特定习惯（如短途运输不包含餐费），且双方知晓并接受，则需按地方习惯处理。但需注意，习惯需经双方认可，且不得违反法律强制性规定。

3. 法律性质与费用分担原则

• 运输费的法律性质：运输费是承运人完成运输任务的对价，通常包括车辆使用费、燃油费、司机劳务费等。若餐费是承运人为完成运输任务而必然产生的合理支出（如长途运输中司机需就餐以维持体力），可能被认定为运输费的合理组成部分。
• 费用分担的合理性：根据《民法典》第五百零九条，当事人应按约定全面履行义务。若合同未约定餐费分担，但餐费是承运人履行合同的必要支出（如无餐费可能导致运输延误或事故），托运人可能需承担该费用；但若餐费是承运人个人选择（如选择高档餐厅），则可能由承运人自行承担。

4. 实务建议

• 合同签订阶段：建议明确约定运输费的构成（如“运输费=车辆使用费+燃油费+司机劳务费+餐费（如适用）”），避免争议。
• 费用报销流程：若餐费需单独报销，应约定报销标准（如每日餐费上限）、凭证要求（如发票）及支付方式（如托运人直接支付或承运人垫付后报销）。
• 争议解决条款：约定争议解决方式（如仲裁或诉讼）及管辖法院，降低维权成本。

总结：运输合同中司机餐费是否计入运输费，需以合同约定为准；无约定时，结合交易习惯、行业惯例及费用合理性判断。为避免纠纷，建议双方在合同中明确费用构成及分担规则。如有具体合同条款或案例需分析，可直接向我咨询。