发票和合同金额不一致时，可以通过签订补充协议来明确双方的权利和义务。以下是详细分析：

一. 发票与合同金额不一致的法律风险

1. 税务风险：发票金额与合同金额不一致，可能导致税务部门认为存在偷税、漏税等违法行为，从而引发税务稽查和处罚。
2. 合同履行风险：金额不一致可能导致双方对合同的实际履行情况产生争议，影响合同的正常履行和双方的合作关系。

二. 补充协议的作用

1. 明确金额差异：通过补充协议，可以明确发票金额与合同金额不一致的原因，如折扣、预付款、尾款等，从而消除双方的疑虑和争议。
2. 规范双方行为：补充协议可以约定双方在后续交易中的行为规范，如发票开具、款项支付等，确保双方的交易行为符合法律法规和合同约定。

三. 补充协议的内容要点

1. 说明金额差异的原因：补充协议应详细说明发票金额与合同金额不一致的具体原因，如因商品折扣、预付款项、尾款支付等导致的金额差异。
2. 明确双方的权利和义务：根据金额差异的原因，补充协议应明确双方在后续交易中的权利和义务，如买方应支付的款项、卖方应开具的发票等。
3. 约定违约责任：为确保补充协议的有效履行，双方可以在协议中约定违约责任，如违约方应承担的违约金、赔偿损失等。

四. 签订补充协议的注意事项

1. 双方协商一致：补充协议应经双方协商一致后签订，确保协议内容真实、合法、有效。
2. 书面形式签订：根据《民法典》第四百六十九条，补充协议应采用书面形式签订，以明确双方的权利和义务。
3. 签订时间：补充协议应在发现发票与合同金额不一致后及时签订，以避免因时间拖延而引发的其他争议。

我建议，在签订补充协议前，双方应充分沟通并协商，确保协议内容真实、合法、有效。同时，在签订协议后，双方应严格按照协议约定履行各自的权利和义务，以避免因违约而引发的法律纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。