非法所得入公司账户，应当依法进行追缴或退赔，并可能面临相应的法律责任。

一. 非法所得的界定与处理

1. 非法所得的界定：非法所得，通常指的是通过违法手段获得的财物或利益。这些财物或利益不属于公司或个人的合法财产，因此不能作为公司或个人的收入进行使用或分配。
2. 处理原则：根据相关法律法规，如《中华人民共和国刑法》等，非法所得应当予以追缴或者责令退赔。这意味着，一旦公司的账户被发现有非法所得，相关执法机关将有权对这些资金进行查封、扣押、冻结，并最终进行追缴或责令公司退赔给受害人。

二. 法律责任

1. 刑事责任：如果公司或相关人员因非法所得而触犯刑法，如构成诈骗罪、贪污罪等，那么将可能面临刑事责任的追究。这包括可能被判处有期徒刑、罚金等刑罚。
2. 行政责任：除了刑事责任外，公司或相关人员还可能因非法所得而承担行政责任。例如，相关执法机关可能对公司进行行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。

三. 公司应采取的措施

1. 自查自纠：公司应当定期对自身的财务状况进行自查，确保没有非法所得流入公司账户。一旦发现存在非法所得，应当立即进行整改，并主动向相关执法机关报告。
2. 加强内部控制：公司应当建立健全的内部控制体系，加强对财务活动的监督和管理，防止非法所得的发生。

我建议，公司应当严格遵守法律法规，不得从事任何违法活动。如果公司的账户被发现有非法所得，应当积极配合相关执法机关的调查和处理工作，并主动采取措施进行整改和纠正。如有进一步需要，您可以继续咨询我。