结论：在超限一年以后才进行行政处罚并造成营运证吊销的情况下，补偿责任需根据具体情形判断，一般而言，若行政机关存在程序违法或过错，可能需承担相应责任；若行政机关程序合法，则通常由违法者自行承担后果。以下为详细分析：

1. 行政机关程序违法或过错的情况

   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关交通运输管理法规，行政机关在实施行政处罚时，应当遵循法定程序，包括及时调查取证、告知当事人权利、听取当事人陈述申辩等。若行政机关在超限一年后才进行处罚，且在此期间未履行法定程序或存在其他过错，如故意拖延、未及时通知当事人等，可能构成程序违法。
   • 补偿责任：在此情况下，若因行政机关的程序违法或过错导致当事人营运证被吊销，且当事人因此遭受了经济损失，行政机关可能需承担相应的赔偿责任。这种赔偿通常基于行政机关的违法行为对当事人造成的直接经济损失进行计算，如停运损失、罚款损失等。但需注意，赔偿范围需严格限定在因行政机关违法行为直接导致的损失范围内。

2. 行政机关程序合法的情况

   • 法律依据：若行政机关在超限一年后才进行处罚，但在此期间已依法履行了调查取证、告知权利、听取陈述申辩等法定程序，且处罚决定符合法律法规的规定，则行政机关的程序是合法的。
   • 后果承担：在此情况下，若当事人因超限行为被处罚并导致营运证被吊销，这是当事人自身违法行为所导致的法律后果，应由当事人自行承担。行政机关无需承担任何补偿责任。

3. 特殊情况考虑

   • 时效问题：需注意行政处罚的时效问题。根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（法律另有规定的除外）。若超限行为已超过法定时效期限，行政机关则无权再进行处罚。但此规定并不直接涉及补偿问题，而是关于行政处罚的时效性。
   • 因果关系：在判断补偿责任时，还需考虑行政机关的处罚行为与营运证吊销之间的因果关系。若营运证吊销是直接由行政机关的处罚行为导致的，且该处罚行为存在违法或过错，则可能构成补偿责任的基础。若营运证吊销是因当事人自身其他违法行为或原因导致的，则与行政机关的处罚行为无直接因果关系，行政机关无需承担补偿责任。

建议：若您认为行政机关在处罚过程中存在程序违法或过错，并因此导致了您的经济损失，建议您及时收集相关证据，如行政处罚决定书、调查取证材料、通知记录等，并向行政机关提出书面申诉或申请行政复议。若对行政复议结果不满，您还可以依法向人民法院提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。