在交通运输超限处罚中，如果当事人的营业执照已经注销，但名下仍有其他证照，立案的问题主要取决于具体的法律程序和实际情况。以下是我的分析：

1. 确认当事人身份：

   • 首先，需要确认注销营业执照的当事人与名下其他证照的关系。如果其他证照（如车辆行驶证、道路运输经营许可证等）仍然有效且属于该当事人，那么这些证照可以作为立案的依据。
   • 如果当事人已经注销了所有与其相关的证照，那么立案可能会面临一些困难，因为需要确定一个合法的、可追责的主体。

2. 依据其他有效证照立案：

   • 如果当事人名下仍有其他有效证照，相关部门可以依据这些证照进行立案调查。例如，如果当事人名下仍有车辆行驶证，且该车辆涉及超限运输，那么可以依据车辆行驶证对当事人进行处罚。
   • 在立案过程中，需要确保所依据的证照是合法、有效的，并且与当事人的超限运输行为有直接关联。

3. 考虑特殊情况：

   • 如果当事人注销营业执照是为了逃避法律责任，那么相关部门可能需要采取其他手段来追究其责任。这可能包括调查当事人的其他财产线索、追踪其经营活动的轨迹等。
   • 在某些情况下，如果当事人已经注销了所有证照并且无法找到其他可追责的主体，那么相关部门可能会面临无法立案的情况。此时，需要依据相关法律法规和程序进行处理。

综上所述，在交通运输超限处罚中，如果当事人的营业执照已经注销但名下仍有其他证照，相关部门可以依据这些有效证照进行立案调查。同时，也需要考虑特殊情况并依据相关法律法规和程序进行处理。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。