结论前置：夜班上12小时，在一般情况下是不合法的，但特定情况下可能合法，需依据具体工时制度和行业特性来判断。
一、一般情况下的不合法性
违反每日工作时间规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。夜班上12小时明显超出了这一法定限制，因此，在一般情况下，这种工作安排是不合法的。
违反加班时间规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。夜班上12小时，即使考虑为加班，也远超出了法律允许的加班限度。
二、特殊情况下的合法性
尽管一般情况下夜班上12小时是不合法的，但在某些特殊情况下，这种工作安排可能是合法的。这主要涉及到特殊工时制度的适用：
不定时工作制：
- 对于因生产特点、工作特殊需要或职责范围关系无法按标准工作时间衡量的职工，如企业高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员等，企业可以申请实行不定时工作制。在这种制度下，不存在固定的工作时长限制，但用人单位需确保劳动者的休息休假权利和身体健康。
- 关键点：实行不定时工作制需要经过劳动行政部门的审批。未经审批，企业不得擅自采用此制度。
综合计算工时工作制：
- 企业可以因工作性质和生产特点申请实行综合计算工时工作制，即以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
- 实例说明：若企业实行以周为周期的综合计算工时工作制，且该周内总工作时间未超过40小时（或44小时，根据具体规定），则某一天工作12小时可能是允许的，只要整个周期内的平均工作时长不超过法定标准。但这种情况较为特殊，且需严格符合审批条件和计算周期。
- 关键点：同样，实行综合计算工时工作制也需经劳动行政部门审批，并且在计算周期内，劳动者的总工作时间不能超过法定的总工作时间上限。
三、法律后果与劳动者权益保护
- 如果企业未依法履行审批手续而擅自实行夜班上12小时的工作制度，劳动者有权向劳动行政部门投诉。劳动监察部门将责令企业改正违法行为，并可根据受侵害的劳动者人数，对企业处以罚款。
- 劳动者在夜班工作期间，应享有与白班相同的劳动安全卫生条件和必要的劳动防护用品。企业有义务采取措施保障夜班劳动者的身体健康，如合理安排班次、提供必要的休息场所等。
- 若劳动者因夜班工作导致身体健康受损，有权依法要求企业承担相应的赔偿责任。
四、建议与行动
- 对于劳动者：如果您被安排夜班上12小时，且企业未依法履行特殊工时制的审批手续，您有权拒绝这种违法的工作安排，并向当地劳动监察部门投诉举报。同时，您也可以咨询专业律师（即我本人），了解自己的合法权益和维权途径。
- 对于企业：企业在制定工作制度和安排工作时，应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的休息和健康权益不受侵害。如需实行特殊工时制度，应依法履行审批手续，并确保劳动者的平均工作时长不超过法定标准。
综上所述，夜班上12小时是否合法，需根据具体情况判断。在一般情况下是违法的，但在特定情况下，如实行特殊工时制度且经过审批，可能合法。无论如何，都应确保劳动者的合法权益和身心健康得到保障。如果您有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。