针对您提出的“军人部队三期女朋友怀孕了怎么处理”的问题，这确实是一个需要细致考虑和妥善处理的情况。以下是我为您提供的详细建议：

首先，恭喜您和您的伴侣即将迎来新的生命，这是一个非常喜悦但也充满挑战的时刻。对于军人而言，由于职业的特殊性，处理这类情况需要更多的考虑和规划。

一、身体准备与健康检查

1. 调理身体机能：作为军人，长期在部队生活，可能面临各种环境压力。在备孕或已经怀孕的情况下，建议充分利用休假时间，在低海拔地区生活一段时间，让身体各项生理指标恢复正常，为孕育新生命创造更好的条件。

2. 及时进行孕前/孕期体检：孕前体检对于确保母婴健康至关重要。通过体检，可以及早发现并处理可能影响生育的疾病或生理缺陷。如果已经怀孕，则应定期进行孕期检查，确保胎儿的正常发育。

二、知识准备与学习

1. 主动学习孕产知识：无论是备孕期间还是孕期，都建议系统学习和掌握孕产知识。了解各阶段需要完成的检查、注意事项以及如何应对孕期常见疾病和分娩问题。这样，在面临突发情况时，能够用专业知识进行应对，减轻心理负担。

2. 科学监测排卵（如已怀孕则跳过此步）：如果还在备孕阶段，科学准确监测排卵有助于成功受孕。可以通过生理期、基础体温、排卵试纸或B超等方法进行监测。

三、生活作息与饮食调整

1. 合理搭配膳食：备孕和孕期女性的营养状况对母婴健康有长期影响。建议适当多补充高蛋白食物和新鲜果蔬，孕前3个月开始补充叶酸，以降低胎儿神经管缺陷和生长发育畸形的风险。

2. 保持规律作息：尽量停止吸烟和饮酒，保持规律作息，避免熬夜。同时，避免接触放射线和有毒有害物质，以及高温环境，以免影响精子质量或胚胎发育。

四、心理准备与支持

1. 重视心理健康：长期处于焦虑状态会影响精子或卵子的质量。因此，备孕和孕期都应保持身心愉悦，营造轻松有爱的家庭氛围。

2. 寻求支持：作为军人，可能无法时刻陪伴在伴侣身边。在这种情况下，可以寻求家人、朋友或专业心理咨询师的支持，共同面对这一挑战。

五、特殊情况下的处理

1. 考虑部队政策：了解部队对于军人配偶怀孕、生育的相关政策，包括休假、医疗等方面的支持。这有助于您更好地规划接下来的行动。

2. 与伴侣共同决策：与伴侣坦诚沟通，共同讨论并决定接下来的步骤。包括是否继续妊娠、如何安排孕期和产后的生活等。

总之，面对这种情况，最重要的是保持冷静、积极面对，并充分利用各种资源和支持来确保母婴的健康和安全。希望这些建议能对您有所帮助，祝您和您的伴侣一切顺利！