一笔款项如果重复支付了两次，在协商一致的情况下，是可以进行抵扣的。以下从不同角度为你详细分析：

法律背景与原则

从法律角度来看，重复支付款项属于不当得利。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。然而，在实际操作中，如果双方能够协商一致，对重复支付的款项进行抵扣，这并不违反法律原则，反而是一种高效、和谐的解决方式。

协商抵扣的可行性

1. 双方自愿原则：协商抵扣的基础是双方自愿。只要双方都同意对重复支付的款项进行抵扣，并且这种抵扣不损害第三方的利益，那么这种抵扣就是可行的。

2. 合同或协议的存在：如果双方之间有合同或协议，并且合同或协议中明确规定了关于重复支付款项的处理方式，那么双方可以按照合同或协议的约定进行抵扣。即使合同或协议中没有明确规定，双方也可以通过协商达成一致，对重复支付的款项进行抵扣。

3. 抵扣的合理性：抵扣的款项应当是合理且明确的。双方需要明确重复支付的款项金额、抵扣的方式以及抵扣后的结算方式等，以确保抵扣的公平性和合理性。

实际操作建议

1. 及时沟通：一旦发现重复支付款项，双方应及时沟通，明确重复支付的金额和原因，并协商解决方案。

2. 书面确认：为了保障双方的权益，建议将协商结果以书面形式确认下来，如签订一份补充协议或确认书，明确抵扣的金额、方式以及结算时间等。

3. 保留证据：在协商和抵扣过程中，双方应保留好相关证据，如支付凭证、沟通记录等，以备不时之需。

可能的法律后果

如果双方无法协商一致，或者一方拒绝抵扣重复支付的款项，那么受损方有权通过法律途径追回不当得利。这可能包括提起诉讼或申请仲裁等。然而，这种方式不仅耗时耗力，还可能对双方的关系造成进一步损害。因此，在可能的情况下，双方应尽量通过协商解决问题。

总结来说，一笔款项如果重复支付了两次，在协商一致的情况下是可以进行抵扣的。这既符合法律原则，也有利于双方关系的和谐与稳定。如果你在实际操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。