针对您提出的“委外研发费用真实但未备案怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，委外研发合同需按照相关规定在科技主管部门进行登记备案，这是企业享受税收优惠、政策补贴等权益的重要前提。若未进行备案，企业将面临多方面的法律风险与实际影响。

一、税收优惠层面

1. 无法享受加计扣除：未备案的委外研发合同，企业将无法享受研发费用加计扣除等税收优惠政策。这意味着，在计算企业所得税时，您无法将研发费用进行额外的扣除，从而增加了企业的税务负担。

2. 税务风险增加：税务机关在核查时，若发现企业存在未备案的委外研发费用，可能会要求企业补缴已减免税款，并加收滞纳金。在情节严重的情况下，还可能被认定为偷税行为，面临罚款甚至刑事责任。

二、监管合规层面

1. 企业信用受损：未备案行为违反了相关管理规定，监管部门会将其记录在案，进而影响企业的信用评级。这将对企业在申请政府补贴、银行贷款以及参与招投标等活动时产生不利影响，降低企业的竞争力。

2. 面临行政处罚：不同地区对委外研发备案有具体的要求和规定。若企业未按规定进行备案，可能会受到监管部门的警告、罚款等行政处罚，这不仅会造成经济损失，还会损害企业的声誉。

三、合作权益保障层面

1. 纠纷处理困难：备案是对委托研发合同的审核与确认，有助于明确双方的权利义务。若合同未备案，在发生纠纷时，由于缺乏公信力文件作为证据，企业将难以维护自身权益。

2. 影响后续合作：未备案行为可能给合作方留下不规范、不诚信的印象，损害企业在行业内的合作口碑。这可能导致企业减少后续合作机会，影响企业的长远发展。

四、法律层面

1. 合同效力问题：虽然未备案不影响委外研发合同的法律效力，但若合同中明确规定备案为生效条件或付款前提，则未备案可能导致合同无效或付款暂停。

2. 知识产权保护：未备案的委外研发合同在知识产权归属和保密条款上可能存在漏洞。这增加了企业在知识产权纠纷中的法律风险，可能使企业面临知识产权被侵犯或泄露的风险。

应对措施与建议：

1. 立即补办备案手续：企业应尽快与科技主管部门联系，了解补办备案的具体流程和要求，并按照规定提交相关材料，以尽快完成备案工作。

2. 加强内部管理：企业应建立健全内部管理制度，确保委外研发合同的签订、执行和备案等环节都符合相关规定和要求。同时，加强对员工的培训和教育，提高员工的合规意识和风险意识。

3. 寻求专业法律支持：若企业在补办备案过程中遇到法律问题或纠纷，应及时寻求专业法律支持，以维护企业的合法权益。

综上所述，委外研发费用真实但未备案将给企业带来多方面的法律风险与实际影响。因此，企业应高度重视备案工作，确保合规经营，为企业的长远发展奠定坚实基础。