合同当然可以约定质保金比例。关于这一问题，可以从以下几个方面进行详细分析：
一. 合同自由原则允许约定质保金比例
根据《中华人民共和国民法典》第五条的规定：“民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。”在合同中约定质保金比例，正是合同双方基于自愿原则，对合同权利义务的具体约定，符合法律的规定。
二. 质保金比例的具体约定方式
双方协商确定：质保金比例并非法律强制规定的固定数值，而是可以由合同双方根据具体情况进行协商确定。例如，在建筑工程合同中，质保金一般占合同价款的5%到10%，但具体比例可由合同双方协商约定。
参考行业惯例：如果合同双方没有明确约定质保金比例，可以参考行业惯例来确定。不同行业、不同类型的合同，质保金比例可能有所不同。例如，在设备采购合同中，质保金比例可能相对较低，约为3%-5%。
三. 质保金的目的和作用
质保金的主要目的是确保产品或服务在一定期限内符合约定的质量标准。如果产品或服务在质保期内出现质量问题，买方有权从质保金中扣除相应的维修或更换费用。质保金的设立有助于保障买方的权益，同时也促使卖方提供符合质量要求的产品或服务。
四. 质保金比例的合理性判断
在约定质保金比例时，双方应确保该比例的合理性。如果质保金比例过高，可能会给卖方带来过重的资金负担，影响其正常的经营活动；如果比例过低，则可能无法有效保障买方的利益。因此，双方应根据实际情况合理约定质保金的金额，以平衡双方的权益。
五. 法律风险和违约责任
如果合同双方对质保金比例产生争议，且无法通过协商解决，可以通过诉讼或仲裁等法律途径解决。法院或仲裁机构会综合考虑合同的具体情况、交易习惯以及公平原则等因素来判断质保金比例的合理性。同时，如果一方违反合同约定，未按规定比例预留或支付质保金，可能面临法律风险与违约责任。
我建议：在签订合同时，双方应明确约定质保金的比例、支付方式和退还条件等内容，以避免后续纠纷的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。