在二审刑事案件中，如果遇到部分被告人犯罪事实不清、证据不足的情况，二审法院会依据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，秉持公正、准确的原则来处理。以下是对此问题的详细解答：
一、处理方式
裁定撤销原判，发回重审
分案处理与并案审理：二审法院会根据案件的具体情况，对那些犯罪事实不清、证据不足的部分被告人进行分案处理，并将这部分案件发回原审人民法院重新审判。原审法院在重新审判时，需要重新组成合议庭，对相关事实和证据进行全面、细致的审查判断。如果原审法院重新作出判决后，其他被告人的案件尚未作出第二审判决或裁定，并且存在上诉或抗诉的情况，二审法院可以选择并案审理。
发回重审的次数限制：为了避免案件久拖不决，发回重审通常是有次数限制的，一般只允许进行一次。
查清事实后改判
自行调查核实：二审法院在审理过程中，如果认为有必要，可以通过调阅新证据、获取新的鉴定意见等方式，自行查清部分被告人犯罪事实不清、证据不足的问题。
直接改判：如果二审法院能够查清相关事实并取得足够证据，那么它可以直接依法对案件作出改判决定，以确保案件的公正处理。
二、法律依据
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百条：该条款明确指出，在被告人最后陈述后，如果合议庭认为证据不足，不能认定被告人有罪，那么应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第四百零四条：该条款对二审程序中处理犯罪事实不清、证据不足案件的具体方式进行了详细规定，为二审法院提供了明确的操作指南。
三、注意事项
保障诉讼权利：二审法院在处理此类案件时，必须严格遵循法定程序，确保当事人的诉讼权利得到充分保障，如辩护权、上诉权等。
查明事实真相：法院应尽最大努力查明案件事实真相，通过全面、客观的审查判断，确保司法的公正和权威。这要求法院在审理过程中，不仅要关注证据的充分性，还要关注证据的合法性和关联性。
审慎决策：在决定是否发回重审或改判时，二审法院应综合考虑案件的具体情况、证据的充分性以及被告人的合法权益等因素，作出审慎决策。这要求法院在审理过程中，要充分考虑各种可能性，确保决策的公正性和合理性。
综上所述，二审法院在处理部分被告人犯罪事实不清、证据不足的案件时，会根据案件的具体情况和法律规定，选择适当的处理方式，以确保案件的公正、准确和高效审理。