合同工期到期后，合同中约定的扣款条款是否有效需分情况讨论，具体如下：

1. 若扣款条款本身合法有效且与工期延误直接相关
   若合同中明确约定了工期延误的扣款标准（如每日按合同总价一定比例扣款），且该条款不违反法律强制性规定（如违约金过高导致显失公平），则即使工期到期，该条款仍有效。例如：合同约定“逾期竣工每日扣合同价0.1%”，承包方实际逾期10天，发包方有权按约定扣款。
   法律依据：根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务的，应承担违约责任，扣款属于违约责任的一种形式。

2. 若扣款条款因工期到期而失去适用前提
   若扣款条款的触发条件与“工期是否到期”直接关联（如约定“工期到期后未完工的，扣全部工程款”），但该条款因显失公平或违反法律强制性规定（如扣款金额超过实际损失的30%）而被认定无效，则发包方无权按此扣款。例如：合同约定“工期到期未完工，扣全部工程款”，但实际损失仅为10万元，法院可能调整扣款金额。
   法律依据：根据《民法典》第585条，约定的违约金过分高于造成的损失的，法院或仲裁机构可予以减少。

3. 若合同已因工期到期而终止，但扣款条款属于结算条款
   若合同明确约定“工期到期后，双方应按实际完成情况结算，逾期扣款作为结算依据”，则扣款条款仍有效。例如：合同约定“工期到期后，承包方需在7日内提交结算资料，逾期提交的，每日扣结算价0.05%”，该条款属于结算程序性约定，不因工期到期而失效。
   法律依据：根据《民法典》第557条，合同终止后，当事人仍应履行结算、清理等后合同义务。

建议：

• 核对合同中扣款条款的具体表述，确认其触发条件、计算方式及合法性；
  
• 若发包方主张扣款，可要求其提供实际损失的证据，避免扣款金额过高；
  
• 若对扣款有争议，可协商解决或通过诉讼/仲裁途径主张权利。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同条款或案件情况。