村经济合作社一般无权直接变更集体用地性质，但可在法定程序和权限范围内对集体用地进行管理、使用或调整用途，具体需分情况讨论：

1. 集体用地性质变更（如农用地转建设用地）
   根据《土地管理法》第四十四条，集体用地性质变更（如将农用地转为建设用地）需严格履行审批程序：

   • 审批主体：必须由省级以上人民政府批准（涉及永久基本农田的需国务院批准）；
     
   • 程序要求：需完成土地利用总体规划调整、耕地占补平衡、土地征收等前置程序；
     
   • 村经济合作社角色：仅能作为申请主体之一提出申请，但无权自行决定变更性质。若未经审批擅自变更，可能构成非法占地，面临责令退还、拆除建筑物、罚款等行政处罚，情节严重者可能承担刑事责任（《刑法》第三百四十二条）。

2. 集体用地用途调整（不改变性质）
   若仅在集体用地内部调整用途（如将闲置宅基地转为集体经营性建设用地），需符合以下条件：

   • 法定程序：需经村民会议三分之二以上成员或三分之二以上村民代表同意，并报乡（镇）人民政府批准；
     
   • 用途限制：调整后的用途需符合土地利用总体规划和城乡规划，且不得用于商品房开发（《土地管理法》第六十三条）；
     
   • 村经济合作社权限：在履行民主决策程序后，可依法对集体用地进行管理、使用或调整用途，但不得超越法定权限。

3. 集体经营性建设用地入市
   根据《土地管理法》第六十三条，符合规划的集体经营性建设用地，村经济合作社可经法定程序（如民主决策、公开交易等）将其使用权出让、出租给单位或个人用于工业、商业等经营性用途，但需注意：

   • 用途限制：不得用于房地产开发；
     
   • 收益分配：土地增值收益调节金需按国家规定缴纳，剩余部分归村集体所有。

总结建议：
村经济合作社对集体用地的管理需严格遵循法定程序和权限，若涉及性质变更或重大用途调整，务必提前咨询自然资源部门并履行审批手续。若您具体遇到集体用地纠纷或需操作相关程序，可直接向我咨询，我将结合地方政策提供详细方案。