结论前置：对方在您的宅基地上登记了房产证，但没有宅基地的完整证据链，这种行为通常是不合法的。下面我将从多个角度为您详细分析这个问题。
一、宅基地使用权与房产证登记的法律关系
宅基地使用权是农村村民的一项重要权利，它是指农村村民依法对集体所有的土地享有的占有和使用的权利，有权利用该土地建造住宅及其附属设施。而房产证，即房屋所有权证，是购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。
在宅基地上建造房屋，并依法取得房产证，必须基于合法的宅基地使用权。如果对方没有合法的宅基地使用权，却登记了房产证，这显然违反了法律规定。
二、证据链的重要性
证据链是指一系列相互关联、相互印证，能够证明某一事实或案件情况的证据所构成的链条。在宅基地和房产证登记的问题上，证据链尤为重要。它通常包括宅基地使用权证、建房审批手续、房屋测绘报告、税费缴纳凭证等。
如果对方没有宅基地的完整证据链，却登记了房产证，这很可能意味着其登记行为存在瑕疵或违法。因为，没有完整的证据链，就无法证明其宅基地使用权的合法性，进而也无法证明其房产证的合法性。
三、可能的法律后果
房产证可能被撤销：如果对方没有合法的宅基地使用权，却登记了房产证，那么该房产证可能面临被撤销的风险。因为，房产证的登记必须基于合法的宅基地使用权和建房手续。
面临法律责任：对方可能因非法占用宅基地、虚假登记等行为面临法律责任。这包括但不限于行政处罚、民事赔偿等。
影响房屋交易和继承：如果房产证被撤销或存在法律纠纷，那么该房屋的交易和继承将受到严重影响。因为，购房者或继承人可能会因为房产证的合法性问题而面临风险。
四、您的应对措施
收集证据：您应该尽快收集与宅基地使用权相关的证据，包括宅基地使用权证、建房审批手续、房屋测绘报告等。这些证据将有助于您证明自己的合法权益。
咨询律师：您可以向我咨询具体的法律事宜，我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。
提起诉讼：如果对方的行为严重侵犯了您的合法权益，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。这包括但不限于提起行政诉讼、民事诉讼等。
最后，宅基地和房产证的问题涉及复杂的法律关系和证据链问题。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。