结论：仅从正常缴纳社保公积金这一点来看，员工工资通过微信转账这种方式本身不直接违法，但存在一定风险和合规隐患，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

从工资支付形式合法性角度

1. 法律未明确禁止微信转账支付工资：我国《工资支付暂行规定》第五条规定，工资应当以法定货币支付，不得以实物及有价证券替代货币支付。微信转账属于以法定货币（人民币）进行支付的方式，从这个层面来说，只要实际支付的是货币，微信转账这种形式本身不违反该规定。
2. 需满足支付规范要求：虽然形式上不违法，但用人单位通过微信转账支付工资时，要确保符合工资支付的其他规范要求。例如，要向劳动者提供一份其个人的工资清单，记录工资的组成、金额等信息。如果通过微信转账时没有附带或后续提供清晰的工资清单，就可能违反相关规定。

从税务合规角度

1. 可能存在税务风险：如果用人单位通过微信转账支付工资，没有按照规定进行个人所得税的代扣代缴，或者没有如实申报工资薪金所得，就可能面临税务处罚。例如，一些用人单位为了少缴税，可能会将部分工资通过微信私下转账，不纳入工资薪金申报范围，这种行为是违法的。
2. 正常纳税则无税务问题：如果用人单位按照实际工资收入，依法代扣代缴了员工的个人所得税，并如实进行了纳税申报，那么从税务角度来说，微信转账支付工资这种方式在税务处理上是合规的。

从证据留存和劳动权益保障角度

1. 证据留存困难：微信转账记录虽然可以作为支付工资的证据之一，但相比银行转账等传统方式，其证据的完整性和可靠性可能存在一定问题。例如，微信账号可能被盗用、转账记录可能被删除或篡改等。一旦发生劳动纠纷，如员工主张未足额支付工资等，用人单位可能难以提供充分、有效的证据来证明自己的支付情况。
2. 不利于保障员工权益：对于员工来说，微信转账支付工资也可能带来一些不便和风险。比如，如果微信账号出现问题导致无法接收转账，或者用人单位故意拖欠工资通过微信转账延迟支付等，员工的合法权益可能难以得到及时有效的保障。

建议：为了确保工资支付的合法性和合规性，降低劳动纠纷风险，用人单位最好采用银行转账等更为规范、安全的工资支付方式。如果确实需要通过微信转账支付工资，要确保做好工资清单的提供、税务的合规处理以及相关证据的留存等工作。员工在接收工资时，也要注意保留好转账记录等相关证据，以维护自己的合法权益。如果在这方面还有疑问，可以直接向我咨询。