结论：一楼在二楼窗户底下建房是否合法不能一概而论，需分情况讨论，主要取决于是否满足规划许可、是否侵犯相邻权以及是否符合建筑安全规范等条件。以下为具体分析：

1. 规划许可角度
   根据《城乡规划法》第四十条，在城市、镇规划区内进行建筑物建设的，应当向城乡规划主管部门申请办理建设工程规划许可证。若一楼建房行为未取得合法规划许可，即使未直接影响二楼窗户的采光、通风，仍属于违法建设行为，城乡规划部门有权责令停止建设、限期拆除或没收实物。若已取得合法许可，则需进一步审查是否符合相邻权及安全规范。

2. 相邻权保护角度
   根据《民法典》第二百九十三条，建造建筑物不得违反国家有关工程建设标准，不得妨碍相邻建筑物的通风、采光和日照。若一楼建房导致二楼窗户的采光、通风受到实质性影响（如间距不足、遮挡阳光等），二楼业主有权依据《民法典》第二百八十八条主张相邻权侵权，要求一楼停止侵害、排除妨碍或赔偿损失。具体判断需结合当地日照标准（如《城市居住区规划设计标准》中规定的日照时数）及建筑间距规范。

3. 建筑安全规范角度
   若一楼建房行为导致二楼窗户下方结构承载力不足（如私自加建导致墙体开裂）、消防通道被占用（如影响逃生窗口使用）或存在其他安全隐患，则可能违反《建筑法》《消防法》等强制性规定。此时，二楼业主可向住建部门或消防部门举报，要求责令整改或拆除。

实务建议：

• 若您是二楼业主，可先通过物业或城管部门查询一楼建房是否取得规划许可；
  
• 若存在采光、通风受影响或安全隐患，可委托专业机构进行日照分析或结构安全鉴定，作为维权依据；
  
• 协商无果时，可向法院提起相邻权纠纷诉讼或向行政机关申请行政处罚。
  

如有具体案件细节（如建房高度、间距、当地规划条件等），可进一步向我咨询，我将结合证据材料提供针对性法律意见。