总公司与分公司签订协议，约定总公司替分公司偿还的债务由分公司承担，该协议在符合法律规定且不损害第三方利益的情况下是有效的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律效力基础

1. 分公司法律地位：分公司作为总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任依法由总公司承担。然而，这并不意味着分公司不能参与合同关系或承担债务。在总公司与分公司之间的内部协议中，双方可以就债务承担进行约定。

2. 合同有效性：只要总公司与分公司签订的协议内容不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思表示，该协议即具有法律效力。协议中关于债务承担的约定，只要不违反法律原则或损害第三方利益，通常会被认定为有效。

二、协议约定的有效性

1. 内部约定：总公司与分公司之间的协议属于内部约定，对双方具有约束力。如果协议中明确约定了总公司替分公司偿还的债务由分公司承担，且该约定不违反法律规定，那么分公司应当按照协议履行债务承担义务。

2. 不损害第三方利益：协议约定的有效性还取决于是否损害了第三方利益。如果协议中的债务承担约定损害了债权人的利益，例如通过内部协议逃避债务，那么该约定可能不会被法院认可。

三、实际操作中的考虑

1. 债权人意见：在实际操作中，如果涉及债权人的利益，最好事先征得债权人的同意。虽然总公司与分公司之间的内部协议对双方具有约束力，但如果债权人对此不知情或不同意，可能会引发纠纷。

2. 协议履行：协议签订后，双方应严格按照协议履行债务承担义务。如果分公司未能按照协议承担债务，总公司有权要求分公司履行义务，并可能追究其违约责任。

四、法律建议

1. 明确协议内容：在签订协议时，应明确约定债务承担的具体范围、方式、期限等关键条款，以避免后续纠纷。

2. 遵守法律法规：协议内容应遵守相关法律法规的规定，不得违反法律原则或损害第三方利益。

3. 及时履行义务：协议签订后，双方应及时履行各自的义务，确保协议的有效执行。

总结来看，总公司与分公司签订协议约定总公司替分公司偿还的债务由分公司承担，在符合法律规定且不损害第三方利益的情况下是有效的。然而，在实际操作中，双方应谨慎处理相关事宜，确保协议的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。