公司在有司法案件期间能否变更法人，需根据案件性质及具体情况判断，法律未明确禁止但存在限制条件。以下从不同角度进行分析：
一、法律原则与规定
无明确禁止性规定：我国《公司法》并未明确禁止在公司涉及司法案件期间变更法定代表人。变更法人属于公司内部治理事项，原则上应遵循《公司法》及公司章程规定的程序进行。
合法合规性原则：尽管法律未明确禁止，但变更行为必须确保合法合规，不得影响司法案件的处理，也不得损害债权人或其他相关方的合法权益。
二、具体情形分析
公司作为犯罪主体：
- 若公司本身作为犯罪主体被追究刑事责任（如单位犯罪），则变更法定代表人的请求通常不会被允许。因为这与刑事诉讼活动存在直接关联，相关机关会对公司的经营活动及法定代表人职责进行调查和审查。
个别员工或管理层涉嫌犯罪：
- 若仅是公司个别员工或管理层涉嫌犯罪，而公司本身并未被卷入刑事案件中，理论上可以考虑变更法定代表人。但需遵循公司内部决策程序的合规性，并获得相关监管机构的批准（如涉及特定行业监管）。同时，新的法定代表人需满足资格条件，并承担相应责任和义务。
民事案件影响：
- 在民事案件中，公司变更法定代表人通常不受直接限制。但需注意，若变更行为被认定为恶意逃避债务或法律责任，可能面临法律风险，如被追究原法人的责任或受到行政处罚。此外，在诉讼过程中变更法人，可能导致法院送达困难，影响诉讼效率，新法人也可能需要承担原公司的部分义务和责任。
司法限制与影响：
- 司法机关在办理案件过程中，可能会根据公司的具体情况和案件需要，对公司的某些行为进行限制，包括法人变更。若司法机关认为变更法人可能影响案件侦查、证据收集或损害债权人利益等，可能会要求工商部门暂停办理相关变更手续。
三、变更程序与注意事项
内部决策程序：
- 通常需要召开股东会或股东大会，经代表三分之二以上表决权的股东通过相关决议。决议内容应明确变更法定代表人的事项，并符合公司章程的规定。
准备法定文件：
- 包括变更登记申请书、股东会决议、新法定代表人的身份证明等。这些文件是办理变更登记手续的必要材料，应确保真实、合法、有效。
向登记机关申请变更登记：
- 前往工商行政管理部门办理变更登记手续。在申请过程中，应如实提供相关信息和材料，配合登记机关的审查工作。
通知相关方：
- 应及时通知与公司有业务往来的合作伙伴、债权人等，避免产生不必要的纠纷。在涉及诉讼的情况下，还需向法院提交变更法定代表人的书面说明及新的法定代表人身份信息，以确保诉讼程序的顺利进行。
四、法律后果与风险提示
法律责任不因变更而免除：
- 即使公司变更了法定代表人，也不能因此逃避或减轻原有的法律责任。公司应继续遵守法律法规，积极履行社会责任。
恶意变更的法律风险：
- 若公司为逃避法律责任而恶意变更法人，可能面临法律风险，如被追究原法人的责任或受到行政处罚。此外，还可能影响公司的声誉和长期发展。
建议：公司在有司法案件期间考虑变更法人时，应充分评估法律风险和后果，确保变更行为合法合规且不影响司法案件的处理。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。