信用卡逾期后协商还款时，是否需要减去已经还过的本金和利息，主要取决于协商的具体内容和银行的政策。以下从不同角度为您详细分析：

一、协商还款的常见方式及利息处理

1. 个性化分期还款协议

   • 根据《商业银行信用卡业务监督管理办法》第七十条，在特殊情况下（如持卡人因失业、疾病等原因导致经济困难），确认欠款金额超出持卡人还款能力且仍有还款意愿时，发卡银行可与持卡人平等协商，达成个性化分期还款协议。
   • 此类协议通常会重新安排还款计划，可能包括减免部分或全部逾期利息和违约金，甚至可能延长还款期限。若协议中明确约定了减免利息，则按新方案执行，已经还过的本金和利息会在新的还款计划中予以考虑；若未明确，则需根据银行后续政策判断。

2. 停息挂账

   • 部分银行提供“停息挂账”服务，即暂停计收逾期利息，但本金仍需偿还。此方案下，已经还过的本金会直接从欠款总额中扣除，利息暂停计算，但具体适用条件和期限需以银行规定为准。

3. 其他协商方案

   • 银行可能根据持卡人实际情况制定特殊还款计划，例如仅偿还本金或部分减免利息。这类方案的利息处理方式完全取决于双方协商结果，已经还过的本金和利息会在协商中予以考虑。

二、影响利息收取的关键因素

1. 协商条款的明确性

   • 若协议中清晰约定了利息减免比例、减免期限等细节，则严格按约定执行。例如协议写明“减免6个月利息”，则在此期间不产生额外费用，已经还过的本金和利息会按照新的还款计划进行抵扣。

2. 银行政策的差异性

   • 不同银行对逾期协商的处理方式不同。国有大型银行与股份制银行在政策灵活度上存在差异，同一银行对不同客户的处理也可能不同。因此，在协商时，需要了解并遵循银行的具体政策。

3. 协商时机的选择

   • 越早与银行沟通越有利于争取有利条件。逾期初期协商成功率较高，随着逾期时间延长，银行可能收紧优惠政策。因此，一旦发现无法按时还款，应尽快与银行联系协商，以便在协商中争取更优惠的还款条件，包括已经还过的本金和利息的抵扣。

三、实际操作建议

1. 主动沟通说明情况

   • 及时向银行说明逾期原因并提供证明材料（如失业证明、医疗单据等），展现还款诚意。这有助于银行了解您的实际情况，为协商还款提供有利依据。

2. 详细了解协商内容

   • 确认协议中关于利息、违约金的处理方式，特别注意“暂免”“永久减免”等表述差异。确保自己清楚了解协商后的还款计划和费用情况，避免后续产生纠纷。

3. 保留书面协议证据

   • 要求银行提供书面确认文件，避免口头承诺无法兑现的风险。书面协议是双方协商结果的法律凭证，有助于保障您的合法权益。

总结来说，信用卡逾期后协商还款时，是否需要减去已经还过的本金和利息，取决于协商的具体内容和银行的政策。在协商过程中，您应主动沟通说明情况、详细了解协商内容，并保留书面协议证据。如果您在协商过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。