在农村拥有两套宅基地的合法性，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
结论前置：农村村民在符合特定条件下可以合法拥有两套宅基地，但一般情况下应遵循“一户一宅”的原则。
合法拥有两套宅基地的情况
因继承房屋而获得：
- 宅基地所有权归村集体，但宅基地上的房屋属于村民个人财产，可依法继承。因此，如村民通过继承父母或其他亲属的房屋，从而附带获得该房屋所在宅基地的使用权，这种情况下的两套宅基地是合法的。
符合分户条件且经合法审批：
- 子女成年后，如已结婚、有独立经济能力等，可申请分户。在符合分户条件的前提下，经过村集体和相关部门的合法审批，村民可以申请新的宅基地，从而合法拥有两套宅基地。
通过合法的宅基地流转取得：
- 部分地区允许宅基地在本集体经济组织内部流转。村民可以通过合法的宅基地流转程序，经过村集体同意和相关部门备案，取得第二套宅基地的使用权。这种流转必须合法合规，确保不违反相关法律法规。
不合法拥有两套宅基地的情况
未经批准私自占用：
- 村民未经任何合法审批程序，擅自占用村集体土地建造住宅，这种情况下的第二套宅基地是违法的，不受法律保护。
不符合分户条件却分户获得：
- 村民为获取更多宅基地，采取虚假材料等手段进行分户，在不满足分户条件的情况下获得的第二套宅基地是违法的。
处理建议
- 对于合法拥有的两套宅基地，村民应确保使用符合规划和管理规定，并进行确权登记以保障权益。
- 对于不合法拥有的两套宅基地，村民应尽快与村集体和相关部门协商处理，如自愿有偿退出、转让给符合条件的农户或接受村集体的收回处理。
- 在处理宅基地问题时，村民应咨询当地相关部门或专业律师，确保自身权益的合法性。
综上所述，农村拥有两套宅基地的合法性需根据具体情况来判断。村民在涉及宅基地问题时，应严格遵守相关法律法规和审批程序，珍惜并合理利用宅基地资源。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。