在办理农村土地承包经营权证的过程中，若存在程序违法情形，通常可能包括以下几种情况：
未经法定程序发包：根据《农村土地承包法》的相关规定，农村土地承包应当遵循公开、公平、公正的原则，并按照法定程序进行发包。如果发包方未按照法定程序进行发包，如未公开招标、未进行公示等，即构成程序违法。
未经村民会议或村民代表会议讨论决定：在涉及农村土地承包的重大事项时，应当经村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意。若发包方未经此程序即擅自决定发包，同样构成程序违法。
未签订书面承包合同：根据法律规定，农村土地承包应当签订书面承包合同，明确双方的权利和义务。如果发包方与承包方未签订书面承包合同，或者合同内容不符合法律规定，也将被视为程序违法。
未依法进行登记：农村土地承包经营权证是承包方享有土地承包经营权的法律凭证。如果发包方在发包后未依法向县级以上地方人民政府申请登记，或者登记内容与实际不符，同样构成程序违法。
侵犯他人合法权益：在办理农村土地承包经营权证的过程中，如果发包方或承包方的行为侵犯了其他村民或利害关系人的合法权益，如未经同意擅自占用他人土地、侵犯他人优先承包权等，也属于程序违法情形。
综上所述，办理农村土地承包经营权证时的程序违法情形可能涉及多个方面，包括但不限于未经法定程序发包、未经村民会议或村民代表会议讨论决定、未签订书面承包合同、未依法进行登记以及侵犯他人合法权益等。若您在具体操作中遇到此类问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议。