结论前置：在有证情况下，将房子建在农田上十多年，仍可能面临法律风险，需根据证件性质、审批程序合法性及当前土地政策综合判断。以下分情况说明：

1. 若“有证”指合法建设用地规划许可证或乡村建设规划许可证

• 合法性前提：需同时满足以下条件：
  • 证件审批程序合法（如经县级以上政府批准，符合土地利用总体规划）；
  • 土地性质已依法变更为建设用地（非农用地）；
  • 房屋建设符合规划要求（如层高、面积、用途等）。
• 法律后果：
  • 合规情形：若证件齐全且程序合法，房屋可能被认定为合法建筑，但需补办后续手续（如不动产登记）；
  • 瑕疵情形：若审批程序存在瑕疵（如未公示、未听证），可能面临行政处罚（如限期改正、罚款），但房屋一般不被强制拆除。

2. 若“有证”指伪造或非法取得的证件

• 法律定性：伪造国家机关证件罪（《刑法》第280条），可能面临刑事处罚（3年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利）；
• 行政后果：房屋将被认定为违法建筑，面临强制拆除（《土地管理法》第77条、第83条），并恢复土地原状；
• 民事责任：若占用他人农田，需赔偿土地所有权人损失（如土地收益损失）。

3. 若“有证”指历史遗留问题证件（如早期宅基地证）

• 政策衔接：需结合《土地管理法》修订历史及地方政策判断：
  • 1987年《土地管理法》实施前：部分地区允许“先占后补”，若符合当时政策，可能补办手续；
  • 1987年后：需严格符合“一户一宅”原则，超面积或非本集体成员建房可能被认定违法。
• 处理方式：
  • 补办用地审批手续（如缴纳罚款、调整土地性质）；
  • 限期拆除或没收违法所得（如房屋拍卖）。

4. 当前土地政策影响

• 耕地保护红线：根据《土地管理法实施条例》第51条，非法占用永久基本农田建房的，限期拆除并恢复种植条件；
• 生态保护要求：若农田位于生态保护区（如水源地、自然保护区），房屋可能被无偿拆除；
• 乡村振兴政策：部分地区对符合规划的农村住宅给予确权登记，但需以合法用地为前提。

行动建议

1. 核查证件合法性：向发证机关申请信息公开，确认审批程序是否完整；
2. 补办手续：若土地性质未变更，尽快申请农用地转用审批；
3. 协商解决：与土地所有权人协商补偿，避免诉讼；
4. 行政复议/诉讼：若面临强制拆除，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。

提示：土地政策具有地域性，建议携带证件原件及土地权属证明，进一步向我提供具体信息以便精准分析。