购房协议在三年交房但六年后仍未交房的情况下，依然具有法律效力，但具体效力及后续处理需视协议内容、违约情况及相关法律规定而定。以下从不同角度进行详细分析：
一、购房协议的法律效力
协议的基本效力：
- 购房协议是双方真实意思表示的体现，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方均具备相应的民事行为能力，该协议即具有法律效力。
- 即便交房时间远超协议约定的三年期限，达到六年，这并不影响协议本身的法律效力，但可能构成违约。
违约情况的处理：
- 根据《民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 在此情况下，购房者有权要求开发商按照协议约定交房，并可能要求开发商承担因延迟交房而产生的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
二、购房协议后续处理建议
与开发商协商：
- 购房者可以首先尝试与开发商进行协商，了解延迟交房的具体原因，并要求开发商给出明确的交房时间和解决方案。
- 在协商过程中，购房者可以要求开发商承担因延迟交房而产生的合理费用，如租房费用、交通费用等。
寻求法律途径：
- 如果协商无果，购房者可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
- 购房者可以向法院提起诉讼，要求开发商继续履行合同、交房并承担违约责任。在诉讼过程中，购房者需要提供充分的证据证明开发商的违约行为以及自己因此遭受的损失。
注意诉讼时效：
- 根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。但自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。
- 在此情况下，虽然交房时间已经远超协议约定的三年期限，但购房者仍然有权在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内提起诉讼。不过，考虑到实际情况和证据的保存，建议购房者尽早采取行动。
三、特殊情况考虑
协议中的特别约定：
- 如果购房协议中有关于延迟交房的特别约定，如延迟交房的免责条款、违约金计算方式等，那么双方应按照协议中的特别约定来处理。
不可抗力因素：
- 如果开发商因不可抗力因素（如自然灾害、政府行为等）导致无法按时交房，且能够提供充分证据证明的，那么开发商可能不承担违约责任或承担部分违约责任。但在此情况下，开发商仍需及时通知购房者并说明情况。
建议：购房者在面对此类问题时，应首先仔细审查购房协议的内容，了解自己的权利和义务。同时，及时与开发商进行沟通协商，并保留好相关证据。如果协商无果或开发商拒绝承担责任，购房者可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。