逾期办证的违约责任诉讼时效，应从购房者知道或应当知道开发商逾期未办理房产证之日起开始计算。具体分析如下：
一、诉讼时效的起算时间
合同有约定办理期限：
- 若购房合同中明确约定了办理房产证的期限（如本题中的“交房后90天”），则诉讼时效从该期限届满之日的次日开始起算。即，若合同约定交房后90日内办理房产证，到期未办理，则从第91日起开始计算诉讼时效。
合同无约定办理期限：
- 若合同中没有约定办理房产证的期限，根据相关法律规定，对于尚未建成的房屋，自房屋交付使用之日起90日届满；对于已竣工的房屋，自合同订立之日起90日届满。从上述期限届满之日的次日开始计算诉讼时效。
二、诉讼时效的期间
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，从诉讼时效起算之日起，购房者有三年的时间来提起诉讼或申请仲裁以维护自身权益。
三、诉讼时效的中断与中止
中断事由：
- 在诉讼时效期间内，若购房者通过书面催告、投诉、信访等方式向开发商主张权利，或向有关部门反映问题，可构成诉讼时效的中断。每次中断后，诉讼时效期间均重新计算。
中止事由：
- 在诉讼时效期间的最后六个月内，若因不可抗力（如自然灾害）或其他客观障碍导致购房者无法行使请求权，诉讼时效将中止。待障碍消除后，继续计算剩余的诉讼时效期间，但最长不超过六个月。
四、持续性违约的特殊情况
- 如果开发商的逾期办证行为处于持续状态，部分法院认为诉讼时效应从违约行为终止之日起计算。即，直到开发商完成初始登记，购房者能够实际办理房产证时，才开始计算三年的诉讼时效。然而，也有法院会根据具体情况，按照一般诉讼时效起算规则进行判断。
五、最长保护期
- 自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院一般不予保护。但如有特殊情况，人民法院可根据权利人的申请决定延长。
六、法律建议
- 及时主张权利：购房者在发现逾期办理房产证的情况后，应及时采取法律措施，如发送律师函、提起诉讼或申请仲裁等，以避免超过诉讼时效而丧失胜诉权。
- 保留证据：购房者在诉讼时效期间内向开发商主张权利的证据（如书面催告函、邮件记录等）至关重要，它们不仅是诉讼时效中断的证明，也是维护自身权益的关键依据。
综上所述，逾期办证的违约责任诉讼时效问题涉及多个法律层面，购房者应充分了解这些法律规定，并在必要时直接向我咨询，以确保自身权益得到有效保护。