在我国，农村集体土地上的违章建筑和违法建设行为的违法认定主要由以下几个机关或部门负责，并依据相应的法律法规进行：

1. 乡（镇）人民政府：

   • 主要职责：在农村违规建筑管理中，乡（镇）人民政府扮演着重要角色，负责乡村规划的组织实施和监督管理工作。对于未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设的行为，乡（镇）人民政府有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除违规建筑。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。

2. 县级自然资源部门：

   • 主要职责：县级自然资源部门负责土地资源和城乡规划管理，对农村违规建筑中涉及违反土地利用总体规划、非法占用农用地等行为进行查处。
   • 法律依据：依据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。

3. 县级农业农村部门：

   • 主要职责：县级农业农村部门专注于农村宅基地管理，对违规占用宅基地建房、超标准多占宅基地等问题进行监督和查处。
   • 法律依据：根据相关规定，农业农村部门负责农村宅基地改革和管理有关工作，对未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用宅基地建住宅的行为，可依法进行处理。

4. 城市管理综合行政执法部门（城管部门）：

   • 主要职责：在一些地方，城管部门被赋予了对违法建设的部分或全部查处权，特别是在城市街道、广场等公共场所的违法搭建行为。不过，在农村地区，城管部门的直接查处权可能相对有限，但会与乡（镇）人民政府、自然资源部门等协同工作。
   • 法律依据：《城市管理执法办法》第八条明确了城管部门的行政处罚权范围，包括住房城乡建设领域法律法规规章规定的行政处罚权，以及与城市管理相关部分的行政处罚权。虽然该办法主要针对城市管理，但在城乡结合部或农村地区涉及城市管理相关部分的违法建设时，城管部门也可能参与查处。

法律建议：

• 若发现农村集体土地上的违章建筑或违法建设行为，建议首先向当地自然资源部门进行反映和举报，由其进行初步调查和认定。
• 若涉及乡村规划或宅基地管理问题，也可同时向乡（镇）人民政府或农业农村部门寻求协助。
• 各部门在处理农村违规建筑时，应严格遵循法律法规，确保执法行为的合法性和公正性，保护农民的合法权益，促进农村社会的和谐稳定。

可能后果：

• 对于未经批准擅自占用农用地进行建设的行为，自然资源主管部门将责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。
• 对于未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设的行为，乡（镇）人民政府将责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除违规建筑。
• 对于违规占用宅基地建房、超标准多占宅基地等行为，农业农村部门将依法进行监督和查处。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。