农村违法建筑的认定是一个涉及多个环节和法律法规的复杂过程，下面我将从认定程序及认定机关两个方面为您详细解析。
一、认定程序
发现与立案：
- 违法建筑的发现通常来源于群众举报、日常巡查、卫片执法等多种途径。
- 一旦发现疑似违法建筑，相关部门会进行初步核查，确认其是否符合立案条件，如符合则予以立案。
调查取证：
- 立案后，相关部门会组织人员对违法建筑进行现场勘查，收集现场照片、视频、测绘报告等证据材料。
- 同时，会向当事人、证人进行询问，制作询问笔录，核实建设时间、用途、审批情况等关键信息。
- 此外，还会调取相关部门的审批文件、规划图纸等资料，以进一步确认违法事实。
认定与处理：
- 在调查取证的基础上，相关部门会组织专家论证或召开听证会（必要时），对违法建筑进行综合评估。
- 根据评估结果，作出认定结论，明确是否属于违法建设及其性质。
- 依法作出处理决定，包括责令限期拆除、罚款、没收违法所得等。对于情节严重的，还可能追究相关责任人的法律责任。
执行与监督：
- 相关部门会督促当事人履行处理决定，如逾期不履行，则依法强制执行。
- 同时，建立长效监督机制，防止违法建筑反弹，确保乡村规划的有序实施。
二、认定机关
县级以上地方人民政府城乡规划主管部门：
- 这是主要的认定机关，负责城乡规划的制定、实施和监督，对违法建设进行认定和处理。
- 在农村地区，该部门会依据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，对违法建筑进行认定。
乡、镇人民政府：
- 在特定情况下，如未取得乡村建设规划许可证的建设，乡、镇人民政府也可依法进行违法建设的认定和查处。
- 乡、镇人民政府在农村地区具有较为直接的管理职责，能够及时发现并处理违法建筑问题。
三、认定标准（补充说明）
在认定农村违法建筑时，除了遵循上述程序外，还需依据一定的认定标准，主要包括：
- 未取得合法建设许可：如未取得宅基地审批、乡村建设规划许可证或农用地转用审批手续等。
- 违反土地利用规划与村庄规划：如建筑物不符合国土空间规划或土地利用总体规划，乱改滥建、超高建造等。
- 不符合建设标准与用途规定：如建筑质量安全不达标、建筑风貌与用途要求不符、违反“一户一宅”原则等。
- 其他违法情形：如非法占用土地、非法转让土地建房、占用公共场所或公共设施用地等。
综上所述，农村违法建筑的认定是一个综合考量多方面因素的过程，需要遵循严格的认定程序，并由相应的认定机关进行依法处理。希望以上解答能够对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告知。