针对您提出的“农村不动产权证有争议起诉对方不去怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，当您因农村不动产权证存在争议而选择起诉对方时，如果对方未能出席庭审，这并不会影响法院的正常审理进程。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，对于涉及不动产纠纷的诉讼，应由不动产所在地的人民法院负责审理，这是专属管辖的原则。
在对方未出席庭审的情况下，法院有权依据法律规定作出缺席判决。这意味着，即使被告没有到庭，法院也会根据原告提供的证据和事实，以及法律的规定，对案件进行审理并作出判决。
为了确保您的权益得到充分保障，我建议您在起诉前做好充分的准备：
收集证据：确保您拥有充分的证据来支持您的主张，如不动产权证的原始记录、相关交易凭证、证人证言等。
明确诉讼请求：在起诉状中清晰、明确地阐述您的诉讼请求，包括要求确认不动产权的归属、撤销对方的不当登记等。
选择正确的法院：根据专属管辖的原则，确保您向不动产所在地的人民法院提起诉讼。
遵循法律程序：在诉讼过程中，严格遵守法律程序，按时提交证据、参加庭审等。
如果对方在收到法院的传票后仍然拒绝出庭，法院可能会进行缺席审理，并根据您提供的证据和事实作出判决。如果判决结果对您有利，但对方仍然不履行判决义务，您可以向法院申请强制执行。
总之，即使对方在农村不动产权证争议的诉讼中不出庭，也不会影响法院的审理和判决。关键在于您要做好充分的准备，遵循法律程序，以确保您的权益得到充分保障。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。