结论前置：
详细分析：
在货物买卖合同纠纷中，关于退货及费用扣除的问题，首先需审查合同中的相关条款。合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。因此，若合同中明确约定了退货时需扣除一定比例或固定金额的费用，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么商家按照合同约定扣除费用是合法的。
然而，在本案例中，商家扣除一万的费用是否合法，还需具体分析：
合同约定审查：首先，应查看合同中是否有关于退货及费用扣除的明确条款。若合同中有约定，且约定合理（如扣除的费用与商家因退货产生的实际损失相当），则商家扣除一万可能合法。但若约定显失公平（如扣除的费用远高于商家实际损失），则该约定可能因违反公平原则而被认定为无效。
法律规定审查：其次，即使合同中有约定，也需审查该约定是否违反法律、行政法规的强制性规定。例如，若合同约定扣除的费用违反了《消费者权益保护法》中关于“经营者不得以格式条款等方式作出排除或者限制消费者权利、减轻或者免除经营者责任、加重消费者责任等对消费者不公平、不合理的规定”，则该约定无效，商家扣除一万的费用不合法。
无约定或约定违法时的处理：若合同中无关于退货及费用扣除的明确条款，或约定违反法律、行政法规的强制性规定，则商家无权扣除高额费用。此时，消费者有权要求商家全额退款。若商家拒绝退款，消费者可以通过协商、投诉、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
法律建议：
审查合同：建议消费者在退货前仔细审查合同中的相关条款，了解自己的权利和义务。
与商家协商：若认为商家扣除的费用不合理，可以与商家进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律帮助：若协商无果，消费者可以咨询专业律师（如我，支鹏晖律师，专注于刑事辩护、建设工程、交通事故、公司事务、经济犯罪领域），了解自己的法律权益和维权途径。必要时，可以通过诉讼等法律手段维护自己的合法权益。
可能法律后果：
若商家扣除费用合法：消费者需按照合同约定承担退货费用，无法要求商家全额退款。
若商家扣除费用不合法：消费者有权要求商家全额退款，并可能通过法律途径要求商家承担违约责任或赔偿损失。