协议可以由负责人签字，但需根据具体情况判断其法律效力。以下从不同角度为您详细分析：

1. 负责人签字的法律效力

• 一般情况：若协议双方明确约定或法律未禁止负责人签字，且负责人具备代表公司或组织签署协议的权限（如法定代表人、授权代表），则签字有效。例如，公司法定代表人签署的合同，通常对公司具有约束力。
• 特殊情况：若负责人无明确授权或超越权限签字，协议可能对公司不产生效力。此时需结合公司章程、授权文件等判断签字是否有效。

2. 需注意的关键点

• 授权文件：若负责人非法定代表人，需提供公司出具的授权委托书，明确其签字权限。否则，对方可能以“无权代理”为由主张协议无效。
• 公司章程：部分公司章程可能对签字权限有特殊规定（如需董事会决议），需提前核查。
• 交易习惯：若行业惯例或双方交易习惯中认可负责人签字，即使无书面授权，也可能被认定为有效。

3. 法律后果与建议

• 有效签字：协议对双方产生约束力，违约方需承担法律责任。
• 无效签字：若签字被认定无效，协议可能无法履行，双方需重新协商或通过诉讼解决争议。
• 建议：
  1. 签署前确认负责人身份及授权范围；
  2. 保留授权文件、公司章程等证据；
  3. 若涉及重大交易，建议由法定代表人签字或加盖公章。

4. 实际案例参考

• 案例1：某公司总经理未经董事会授权签署采购合同，后公司以“越权代理”为由拒绝履行。法院审理认为，总经理签字虽无书面授权，但结合交易习惯及公司实际经营情况，认定协议有效。
• 案例2：某分公司负责人签署借款协议，未出示总公司授权文件。债权人起诉要求总公司还款，法院以“负责人无权代表总公司借款”为由驳回诉求。

总结：协议可由负责人签字，但需确保其具备合法权限。若您遇到具体协议签署问题，可直接向我咨询，我会结合协议内容、公司情况等为您详细分析。