结论前置：若已签订退股协议后仍被扣款，需根据扣款原因和协议条款采取不同应对措施，核心解决路径包括协商解决、法律途径维权及向监管部门投诉。以下是具体分析：

一、核实扣款原因与协议条款

1. 审查退股协议内容
   需首先确认协议中是否明确约定了扣款条件（如违约金、未履行义务的补偿等）。若协议未约定扣款事项，或扣款金额超出协议范围，则对方行为可能构成违约。
   示例：若协议约定“退股后30日内支付全部款项”，但对方以“未交接资料”为由扣款，而协议未将此列为扣款条件，则扣款缺乏依据。

2. 区分扣款性质

   • 合法扣款：如协议明确约定因股东未履行竞业限制、泄露商业秘密等义务需赔偿，且扣款金额合理，则可能被支持。
     
   • 非法扣款：若扣款无协议依据，或以“管理费”“手续费”等名义变相克扣，则涉嫌违法。

二、协商解决优先

1. 书面催告
   向对方发送《律师函》或书面通知，明确要求按协议履行付款义务，并附上协议条款、扣款凭证等证据，要求限期回复。
   作用：固定证据，同时给对方留出协商空间，避免直接诉讼导致关系恶化。

2. 协商要点

   • 要求对方提供扣款明细及法律依据；
     
   • 若扣款合理但金额有争议，可协商调整；
     
   • 明确若协商不成，将采取法律手段维权。

三、法律途径维权

1. 提起民事诉讼

   • 案由：股权转让纠纷或合同纠纷。
     
   • 诉讼请求：要求对方支付剩余款项及逾期利息，返还非法扣款，并承担诉讼费用。
     
   • 证据清单：退股协议、扣款凭证、沟通记录、公司财务数据等。
     注意：诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算。

2. 申请财产保全
   若担心对方转移财产，可在起诉时申请法院冻结其银行账户、股权等财产，确保判决后能执行到位。

四、向监管部门投诉

1. 市场监管部门
   若公司以“行政处罚”“罚款”等名义扣款，可向当地市场监管局举报，要求调查其合法性。

2. 税务部门
   若扣款涉及税务问题（如虚构成本少缴税款），可向税务局举报。

五、特殊情形处理

1. 公司已注销
   若退股时公司已注销，需向股东或清算组主张权利。根据《公司法》，清算组未履行通知义务导致债务未清偿的，股东可能承担连带责任。

2. 扣款方为个人
   若扣款方为实际控制人而非公司，需证明其个人财产与公司财产混同（如资金往来频繁、公章混用），否则可能面临执行难。

行动建议：

1. 立即整理协议、扣款凭证等材料；
   
2. 优先通过书面催告协商解决；
   
3. 若协商无果，7日内委托律师起草诉状并申请保全；
   
4. 同步向市场监管部门投诉，形成压力。
   

如有进一步细节（如协议具体条款、扣款金额等），可随时补充，我将为您定制解决方案。