针对您提出的问题，即代理人代为签订协议书后被代理人反悔要求确认该协议无效，法院会如何确认，以下是我的详细解答：
法院确认协议效力的基本原则：
- 法院在确认此类协议效力时，会遵循《民法典》中关于代理和合同效力的相关规定。核心在于判断代理人是否具有合法的代理权，以及签订协议时是否遵循了被代理人的真实意愿。
代理人代理权的有效性：
- 有效代理：若代理人持有被代理人的有效授权委托书，且在授权范围内签订协议，则该协议对被代理人具有法律约束力。此时，被代理人反悔要求确认协议无效，法院通常不会支持。
- 无权代理或超越代理权：若代理人未经被代理人授权，或超越了授权范围签订协议，则构成无权代理或超越代理权。在此情况下，被代理人有权拒绝追认该协议，法院可能会根据具体情况确认协议无效或部分无效。但需注意，若被代理人在知道或应当知道代理人无权代理或超越代理权后，未作反对表示，则视为同意，协议可能仍有效。
被代理人真实意愿的考量：
- 法院会审查签订协议时被代理人的真实意愿。若被代理人能证明签订协议时并非其真实意思表示（如受欺诈、胁迫等），则法院可能会确认协议无效。
- 反之，若被代理人无法提供充分证据证明其签订协议时并非真实意愿，且代理人行为符合代理规则，则法院可能不会支持被代理人确认协议无效的请求。
协议内容的合法性：
- 法院还会审查协议内容是否合法。若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，或违背公序良俗，则法院会确认协议无效。
具体案例中的考量因素：
- 在实际案例中，法院还会考虑其他因素，如双方当事人的交易习惯、行业惯例、协议履行情况等，以综合判断协议的效力。
法律建议：
- 对于被代理人而言，若认为代理人签订的协议无效，应尽快收集证据，如授权委托书、交易记录、沟通记录等，以证明代理人无权代理或签订协议时并非其真实意愿。
- 对于代理人而言，应确保在签订协议前获得被代理人的明确授权，并严格在授权范围内行事，以避免不必要的法律纠纷。
可能后果：
- 若法院确认协议无效，则双方当事人应恢复原状，即返还因协议取得的财产或利益。
- 若因协议无效给一方当事人造成损失的，受损方有权要求过错方承担赔偿责任。
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