三轮车可能面临被依法扣押、没收或返还的处理，具体取决于案件情况。以下是详细分析：

1. 三轮车作为作案工具的处理
   根据《治安管理处罚法》第十一条规定，办理治安案件所查获的毒品、淫秽物品等违禁品，赌具、赌资，吸食、注射毒品的用具以及直接用于实施违反治安管理行为的本人所有的工具，应当收缴，按照规定处理。
   若三轮车被认定为“直接用于实施非法运输柴油的本人所有工具”，公安机关有权依法予以收缴。例如，三轮车经过改装用于运输柴油，且无合法运输资质，则可能被认定为作案工具。

2. 三轮车未被认定为作案工具的情况
   若三轮车本身未被改装，仅作为普通运输工具使用，且车主能证明其不知情或未参与非法运输行为（如车辆被他人借用），则三轮车可能不会被收缴。此时，公安机关在完成调查后，通常会依法返还车辆。

3. 三轮车被扣押后的处理流程
   若三轮车被依法扣押，车主需配合公安机关调查，提供车辆合法来源证明（如购车发票、行驶证等）。若调查确认车辆与违法行为无关，公安机关应在规定期限内返还车辆；若车辆被收缴，车主可通过行政复议或行政诉讼途径主张权利。

建议：若三轮车被扣押或面临收缴，车主应尽快委托律师介入，通过法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。