结论：有限公司下设的商务合作部门召开大型会议本身并不违法，但需确保会议内容、目的及行为符合相关法律法规及公司章程的规定。

分析说明：

1. 公司部门召开会议的合法性基础：

   • 有限公司作为法人实体，其内部组织架构的设置及部门职能的划分，通常由公司章程或内部管理制度规定。商务合作部门作为公司的一个内部机构，其召开会议是公司日常运营的一部分，旨在讨论商务合作事宜、制定合作策略等，这一行为本身并不违反法律法规。

2. 会议内容与目的的合法性：

   • 会议的内容和目的必须合法，不得涉及违法犯罪活动，如欺诈、洗钱、商业贿赂等。若会议内容或目的违法，则不仅会议本身违法，相关责任人员也可能面临法律责任。
   • 例如，若商务合作部门在会议中讨论如何通过不正当手段获取商业机会或损害竞争对手利益，这样的会议就是违法的。

3. 会议行为的合法性：

   • 会议期间的行为也必须合法，包括但不限于不得进行虚假宣传、不得侵犯他人知识产权、不得泄露公司商业秘密等。
   • 若会议期间存在违法行为，如泄露公司机密导致公司损失，相关责任人员需承担法律责任。

4. 公司章程与内部管理制度的遵守：

   • 商务合作部门召开会议还需遵守公司章程及内部管理制度的规定，如会议的召开程序、决策机制等。若违反公司章程或内部管理制度，虽不一定直接构成违法，但可能引发公司内部纠纷或影响公司治理效率。

法律建议：

• 确保会议合法合规：在召开会议前，应明确会议的主题、目的和议程，确保所有讨论内容均合法合规。
• 遵守公司章程与内部管理制度：严格按照公司章程和内部管理制度的规定召开会议，确保会议的合法性和有效性。
• 加强风险防控：对于可能涉及法律风险的议题，应提前进行法律审查，必要时咨询专业律师的意见，以降低法律风险。

后续行动建议：

• 若您对商务合作部门召开会议的具体合法性有进一步疑问，或需要制定会议合规指南，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。