关于您提到的宅基地受到污染后获得污染补偿款，但村里签的是土地承包经营权收回协议是否合法的问题，需要分情况讨论：

1. 协议内容与实际不符的合法性分析

   • 若您的宅基地实际并未涉及土地承包经营权（例如宅基地使用权与承包经营权性质不同），但村里却以“土地承包经营权收回协议”名义签订，则该协议可能存在主体不适格或内容不真实的问题。根据《民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或公序良俗。若协议内容与实际情况不符，可能因“虚假意思表示”被认定为无效。
   • 建议：您可要求村里提供协议依据，并核对宅基地使用权证与承包经营权证的范围。若发现混淆，可主张协议无效并要求重新签订符合实际的补偿协议。

2. 污染补偿款与土地收回的关联性分析

   • 污染补偿款通常针对宅基地使用权受侵害的补偿（如土壤污染导致无法居住），而土地承包经营权收回一般涉及农业用地经营权变更。若村里以“收回承包经营权”为由减少或取消污染补偿，可能涉嫌侵害合法权益。
   • 法律依据：根据《土地管理法》第四十八条，征收土地应给予公平、合理的补偿。若宅基地因污染无法使用，您有权要求按实际损失获得补偿，而非被强制纳入承包经营权收回程序。
   • 建议：您可要求村里明确补偿款的性质（是污染补偿还是收回补偿），并保留污染鉴定报告、补偿款发放记录等证据。若补偿不合理，可向乡镇政府申请行政复议或提起行政诉讼。

3. 协议签订程序的合法性分析

   • 即使协议内容与实际情况部分匹配，仍需审查签订程序是否合法。例如，村里是否召开村民会议或村民代表会议讨论？是否经过三分之二以上成员同意？是否公示补偿标准？若程序存在瑕疵（如未履行民主议定程序），协议可能因“违反法定程序”被撤销。
   • 法律依据：根据《村民委员会组织法》第二十四条，涉及村民利益的重大事项需经村民会议讨论决定。若村里未履行法定程序，您可向县级农业农村部门举报或直接起诉确认协议无效。
   • 建议：您可要求村里提供会议记录、表决结果等程序性证据。若程序违法，可主张协议无效并要求重新协商。

行动建议：

1. 核对权属证明：确认宅基地使用权证与承包经营权证的范围，避免权利混淆。
2. 审查协议内容：要求村里明确协议依据、补偿标准及计算方式，确保与实际情况一致。
3. 保留证据：保存污染鉴定报告、补偿款发放记录、会议通知等材料，以备维权使用。
4. 咨询专业意见：若对协议合法性存疑，可携带相关材料向我进一步咨询，我将协助您分析协议效力并制定维权方案。

温馨提示：宅基地问题涉及集体利益与个人权益的平衡，建议通过合法途径主张权利，避免激化矛盾。