事业单位员工周六周日是否可以不去上班，以及这种安排是否合法，需根据具体情况及法律规定来综合判断。以下是对此问题的全面分析：
一、一般情况下的合法性判断
休息日保障：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。对于事业单位而言，通常星期六和星期日为周休息日，员工在这两天有权休息。
- 如果事业单位安排员工在周六周日上班，但确保了员工每周至少有一天休息时间（不一定是周六或周日），并且依法支付了加班费或安排了补休，这种安排通常是合法的。
加班与补偿：
- 依据《劳动法》第四十四条，若休息日安排劳动者工作且不能安排补休，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这意味着，如果事业单位未提供补休或支付相应的加班费，其要求劳动者在周六周日工作的行为即构成违法。
二、特殊情况下的合法性判断
紧急任务或公共利益：
- 在特定情况下，如自然灾害、事故等紧急事件，或涉及公共利益、完成紧急任务时，事业单位可依法安排员工周末加班。但即使在这些特殊情况下，事业单位也应事后给予员工适当的补偿，如支付加班费或安排补休。
特殊行业或岗位：
- 某些特殊行业或岗位，如医院、交通、餐饮服务等，因其工作性质和生产特点可能无法遵循标准的双休制度。对于这些行业或岗位，只要事业单位按照法律法规的规定，保障了劳动者的休息权和相应的劳动报酬（如通过综合计算工时工作制等方式），其工作安排也是合法的。
三、法律后果与权益保护
违法后果：
- 如果事业单位违法安排员工周末工作且未提供适当补偿，员工有权向当地劳动监察部门投诉或申请仲裁，要求单位支付加班费或安排补休，并可能获得相应的赔偿。
权益保护建议：
- 员工应了解自己的合法权益，包括工作时间、休息日和加班费等方面的规定。
- 如遇单位违法安排周末工作且未提供适当补偿的情况，员工应首先与单位协商解决。协商不成时，可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。
四、实际应用与指导意义
事业单位管理：
- 事业单位应建立健全的工作制度和休假制度，确保员工权益得到保障。
- 在安排员工周末工作时，应充分考虑法律要求和员工感受，合理安排工作任务和补偿措施。
员工自我保护：
- 员工应保留好与单位沟通、协商的证据，如邮件、短信、录音等，以便在需要时维护自己的权益。
- 员工也应积极学习法律知识，提高自己的法律素养和维权能力。
总结：事业单位员工周六周日是否可以不去上班，以及这种安排是否合法，取决于多个因素，包括是否保证了劳动者的休息日、是否支付了加班费或安排了补休、是否遵守了工时制度和健康保护规定等。员工应了解自己的权益，并在必要时采取相应措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。