事业单位工作人员周六周日上班能否补休以及是否合法，需根据具体情况及法律规定来综合判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 一般情况下的合法性判断：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条和《国务院关于职工工作时间的规定》第七条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时（或四十小时，根据具体规定）的工时制度，且星期六和星期日为周休息日。因此，在一般情况下，事业单位应遵守这些规定，确保员工有足够的休息时间。若无法定理由而要求员工周末工作，则可能违反法律。

2. 特殊情况下的合法性判断：

   • 在特定情况下，如自然灾害、事故等紧急事件，或涉及公共利益、完成紧急任务时，事业单位可依法安排员工周末加班。但即使在这些特殊情况下，事业单位也应事后给予员工适当的补偿，如支付加班费或安排补休。

3. 补休的合法性及实施：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这意味着，如果事业单位在周末安排了员工工作，并且无法安排补休，那么就必须支付加班费。反之，如果事业单位能够安排补休，那么这种安排是合法的，且不需要支付加班费。
   • 补休的实施：事业单位在安排补休时，应与员工进行协商，确保补休的时间、方式等符合员工的合理需求。同时，事业单位应建立健全的补休制度，确保员工的补休权益得到保障。

4. 员工权益保护：

   • 员工应了解自己的合法权益，包括工作时间、休息日和加班费等方面的规定。如遇单位违法安排周末工作且未提供适当补偿（包括补休或加班费）的情况，员工有权向当地劳动监察部门投诉或申请仲裁，以维护自己的合法权益。

实际应用建议：

• 对于事业单位而言，应建立健全的工作制度和休假制度，确保员工权益得到保障。在安排员工周末工作时，应充分考虑法律要求和员工感受，合理安排工作任务和补偿措施。
• 对于员工而言，应积极了解自己的合法权益，并在遇到问题时及时与单位沟通或寻求法律援助。

总结：事业单位工作人员周六周日上班能否补休以及是否合法，取决于具体的工作安排、补偿措施以及是否符合相关法律规定。如果事业单位能够合理安排补休或支付加班费，那么这种安排是合法的；反之，则可能违反法律。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。