结论：在自身未提交投标保证金被否决投标后，能否主张条款违法并投诉，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、招标文件条款的合法性
若招标文件明确规定需提交投标保证金：
- 根据《招标投标法》及相关规定，招标人可以在招标文件中要求投标人提交投标保证金，作为投标人履行投标义务的一种担保。
- 若您未按照招标文件要求提交投标保证金，招标人有权根据招标文件的规定否决您的投标。在此情况下，您主张条款违法并投诉的依据不足，因为招标文件的规定是合法的。
若招标文件未明确规定需提交投标保证金，但实际操作中要求提交：
- 如果招标文件未明确规定需提交投标保证金，而招标人在实际操作中要求提交，这可能构成对招标文件的变更或补充。
- 根据《招标投标法》的规定，招标人对已发出的招标文件进行必要的澄清或者修改的，应当在招标文件要求提交投标文件截止时间至少十五日前，以书面形式通知所有潜在投标人。若招标人未按照此规定通知，您有权主张招标人的行为违法，并可以向相关部门投诉。
二、投诉的途径和条件
投诉途径：
- 若您认为招标人的行为违法，可以向招标人提出异议，要求其纠正。
- 若招标人拒绝纠正或您对其处理结果不满意，您可以向有关行政监督部门（如招标投标管理部门）投诉。
投诉条件：
- 投诉应当有明确的请求和必要的证明材料。您需要提供证据证明招标人的行为违法，如招标文件、实际操作中的相关证据等。
- 投诉应当在知道或者应当知道其权益受到侵害之日起十日内提出。逾期投诉的，可能不予受理。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 若您的投诉成立，招标人可能需要承担相应的法律责任，如改正违法行为、赔偿损失等。
- 若您的投诉不成立，您可能需要承担因投诉而产生的相关费用，如诉讼费、律师费等。
建议：
- 在决定投诉前，建议您仔细审查招标文件和相关法律法规，确保您的投诉有充分的法律依据。
- 您可以咨询专业律师或相关机构，获取更详细的法律意见和投诉指导。
- 在投诉过程中，保持冷静和理性，按照规定的程序和要求进行投诉，以提高投诉的成功率。
总结：在自身未提交投标保证金被否决投标后，能否主张条款违法并投诉，需根据招标文件的具体规定和实际操作情况来判断。若您认为招标人的行为违法，可以向招标人提出异议或向有关行政监督部门投诉。但在此之前，请确保您有充分的法律依据和证据支持您的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。