刑事案件被指定管辖后，指定管辖的法院应当按照以下程序和要求开展工作：

1. 接收案件材料并审查
   指定管辖的法院在收到上级法院的指定管辖决定后，应当及时接收原办案机关移送的全部案件材料（包括卷宗、证据、法律文书等），并对材料的完整性、合法性进行审查。若发现材料缺失或程序违法，应当及时与原办案机关沟通补充或纠正。

2. 通知当事人及相关诉讼参与人
   法院需在指定管辖后，依法通知被告人、辩护人、被害人及其法定代理人等诉讼参与人，告知案件已由本院管辖，并重新送达起诉书副本、权利义务告知书等法律文书，确保诉讼程序合法衔接。

3. 重新安排庭审程序
   若案件已进入审判阶段，指定管辖的法院需重新安排开庭时间，并依法组成合议庭（或独任审判员）审理。对于已进行的诉讼行为（如证据质证、被告人供述等），原则上有效，但法院可根据案件需要决定是否重新进行部分程序。

4. 保障辩护权与诉讼权利
   法院应确保被告人及其辩护人充分行使辩护权，包括阅卷权、申请调取证据权、申请回避权等。若被告人原辩护人因管辖变更无法继续代理，法院应告知其有权委托新辩护人，并依法提供法律援助（如符合条件）。

5. 依法作出裁判并执行
   指定管辖的法院需独立、公正地审理案件，依据事实和法律作出裁判。判决生效后，由该法院负责执行（如涉及财产刑、没收违法所得等），或移送有执行权的法院执行。

6. 处理管辖争议的后续问题
   若原管辖法院与指定管辖法院对案件管辖存在争议（如证据移交、赃款赃物处理等），指定管辖法院应主动与原法院协商解决，必要时可报请共同上级法院协调。

特殊情形处理：

• 并案管辖：若案件与其他案件存在关联（如共同犯罪、上下游犯罪），指定管辖法院可报请上级法院决定并案审理。
  
• 程序回转：若指定管辖后发现本院不宜审理（如存在利益冲突），可报请上级法院重新指定管辖。
  

法律依据：
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第25条、第26条及《最高人民法院关于适用〈刑事诉讼法〉的解释》第19条至第22条，指定管辖的法院需严格遵循法定程序，确保案件公正、高效审理。

如有具体案件或程序细节需进一步分析，可直接向我咨询。